TRAF6具有泛素连接酶活性，寡聚后发生k -63链接的自泛素化。在第一步中，泛素被E1泛素激活酶激活。活化的泛素转移到E2结合酶(Ubc13和Uev1A蛋白的异源二聚体)，形成E2- ub硫酯。最后，泛素蛋白连接酶E3 (TRAF6, RING-domain E3)存在时，泛素通过泛素c端与靶蛋白赖氨酸残基的ε -氨基之间的异肽键连接到靶蛋白(TRAF6在赖氨酸124上)上。与k -48链接的泛素化导致靶蛋白的蛋白体降解不同，k -63链接的泛素化链作为组装蛋白激酶复合物的支架，并通过蛋白体独立的机制介导其激活。这种K63聚泛素化的TRAF6激活TAK1激酶复合物。