在细胞核中，NICD2与RBPJ (CBF1, CSL)和MAML (mastermind)形成复合物。NICD2:RBPJ:MAML复合物激活RBPJ结合启动子元件(RBEs)的转录(Wu et al. 2000)。除了NICD2、RBPJ和MAML, NOTCH2共激活复合物可能还包括其他蛋白质，显示为NOTCH1共激活复合物的组成部分。

NOTCH2共激活复合物直接刺激HES1和HES5基因的转录(Shimizu et al. 2002)，这两个基因都是已知的NOTCH1靶点。

FcER2（CD23a）的启动子含有几种rbE，其由Notch2占据，但不是Notch1共粘膜复合物，并且Notch2活化刺激Fcar2转录。Fcor2（CD23a）的过表达是B细胞慢性淋巴细胞白血病（B-CLL）的标志，并与细胞凋亡的故障相关，这被认为是B-CLL发育的潜在机制。Epstein-BARR病毒蛋白EBNA2还可以通过模拟Notch2信号传导（Hubmann等，2002）激活Fcar2转录。

NOTCH2共激活复合物占据GZMB (granzyme B)启动子的近端RBE，同时与磷酸化的CREB1相互作用，结合到邻近的CRE位点。EP300转录共激活因子也通过与CREB1的关联被招募到该复合物中(Maekawa等，2008)。NOTCH2共激活复合物与CREBP1和EP300共同刺激GZMB (granzyme B)的转录，这对CD8+ t细胞的细胞毒性功能非常重要(Maekawa et al. 2008)。

有迹象表明NOTCH2基因与肝细胞的核因子1测试版(HNF1B)肾脏发展(马萨et al . 2013年,Heliot et al . 2013年)和肝细胞的核因子6 (HNF6)在胆管形成(Vanderpool et al . 2012),但这些遗传相互作用的确切性质尚未定义。