在酸性内吞室中，II在蛋白水溶性切割，最终释放II类肽结合槽以加载抗原肽。在具有中间体LiP22，LiP10和最终夹子的良好定义的路径之后，通过阿氨酰和半胱氨酸蛋白酶的组合以逐步的方式降解。初始II裂解已归因于Leupeptin - 不敏感的半胱氨酸或天冬氨酸蛋白酶，其包括阿斯巴氨氨酸蛋白酶和天冬酰胺胚胎酶（AEP）（MARIC等，1994，Manoury等，2003，Costantino等，2008）。这些蛋白酶产生22kDa片段II（LIP22）。人体II的三聚化结构域（残留物134-208）具有三种可能的AEP切割位点，ASN148,165和171.ASN171，位于螺旋B的C末端末端，是AEP的证明切割位点（Manoury等人。2003年，Jasanoff等人1998）。这种裂解消除了II的C末端三聚化结构域，其导致（MHC II：II）3个非他脱落，并在MHC II中暴露新的裂解位点：LIP22三聚体（Villadangos等，1999，Guillaume等，2008）。上面给出的II的残基编号基于Uniprot同种型1。