成熟的三元流感病毒聚合酶复合物由PB1、PB2和PA组成。PB1的N端（残基1-48）与PB2相互作用，PB1中的氨基酸506-659与PA亚单位相互作用（Gonzalez，1996；Perez，2001）。虽然感染细胞中可能存在单体PB1、PB2和PA以及PB1-PB2和PB1-PA二聚体，但据信大多数聚合酶蛋白组装成三聚体PB1-PB2-PA复合物（Detjen，1987）。新合成的聚合酶亚单位通过与细胞导入蛋白家族蛋白相互作用的核定位信号（NLS）导入细胞核（Jones，1986；Buolo，2006）。导入蛋白β-3（Ran结合蛋白5）促进PB1和PB1-PA二聚体的核导入（邓，2006）；PA与PB1的共表达被证明能促进PB1的输入（Fodor，2004）。已发现PB1-PB2二聚体与分子伴侣热休克蛋白90（HSP90）相互作用以促进导入（Naito，2007）。在细胞核中组装的三个亚单位形成一个成熟的三元聚合酶复合物，结合病毒vRNA或cRNA（Jones，1986；Buolo，2006）。