开孔复合物的形成将模板股线暴露于RNA聚合酶II酶的催化中心。这有助于形成第一磷酸二酯键，其标记转录起始。结果，TFIIB基础转录因子从起始复合物中解离。
开放转录启动复合体不稳定并且可以恢复到关闭状态。在该阶段的开始需要继续（d）通过TFIIH的ATP水解。二核苷酸转录物不与转录复合物稳定相关。在解离它们后，它们形成了流产的产品。转录复合物对小寡核苷酸的抑制性也敏感。
在模板中互补的二核苷酸-1和+1互补，也可以直接磷酸二酯键形成。该反应是独立于基础转录因子TFIIE和TFIIH的独立性，并且不涉及开放复杂的形成。该反应对单链寡核苷酸的抑制敏感。
