为了促进共转录capping，从而限制RNA聚合酶II生成的RNA的帽结构，capping酶直接与RNA聚合酶II结合。最大的Pol II亚基的c端结构域在其七肽重复序列上包含几个磷酸化位点。限制酶guanylyltransferase和甲基转移酶结合专门供磷酸化丝氨酸内5 CTD。TFIIH的激酶亚基Cdk7催化这个发生在启动子附近的磷酸化事件。此外，有研究表明，将冠状酶与丝氨酸-5磷酸化的CTD结合，可在体外刺激冠状酶的活性。
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