HIV-1脱壳是一个知之甚少的过程。它可能涉及到基质和衣壳层的渐进和部分拆卸。虽然MA和Nef等病毒蛋白被认为与此有关，但主要原因似乎是胞质pH值和简单的稀释效应。成功脱壳生成病毒逆转录复合物，该复合物由二倍体病毒RNA基因组、tRNALys引物、RT、IN、MA、核衣壳(NC)、病毒蛋白R (Vpr)和各种宿主蛋白组成;这样反转录复合物就从质膜中解放出来了。人们认为，过境病毒核蛋白复合物与细胞骨架元素如肌动蛋白微丝相关。
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