内吞抗原在溶酶体彻底降解之前必须离开内吞结构进入MHC I通路。典型的途径是与抗原加工(TAP)依赖的胞质途径相关的转运子，这包括将内吞抗原易位到胞质，在胞质中，它们被蛋白酶体降解为抗原肽，并通过TAP转运到ER。这一假设来自于间接证据，表明蛋白酶体抑制剂可以阻断某些抗原的交叉呈递(Amigorena等，2010年，Burgdorf等，2008年)。根据这个模型，抗原以一种未确定的机制易位到细胞质中。
外源性抗原输送到细胞质的机制还不太明确。来源于HIV tat蛋白或Antennapedia同源结构域(AntHD)蛋白的某些具有高度正电荷序列的多肽似乎直接穿过质膜穿透细胞质(Monu et al. 2007, Vendeville et al. 2004)。也有人提出，一些外源性抗原可以通过缝隙连接在相邻细胞之间交换，导致受体细胞交叉呈递(Monu et al. 2007, Neijssen et al. 2005)。
一旦内在化的抗原进入细胞质，它们遵循蛋白酶体消化和TAP介导的多肽运输的常规途径进入内质管腔。