内吞室包含许多半胱氨酸蛋白酶，如组织蛋白酶S，可以产生交叉呈现肽。组织蛋白酶可能参与MHC ii类呈递肽的生成(Villadangos et al. 1999)。Shen等(2004)研究表明，组织蛋白酶S在体内参与了不依赖tap的交叉呈现，树突状细胞(DCs)通过tap依赖和tap不依赖两种途径交叉呈现卵清蛋白。TAP-independent通路对胱氨酸蛋白酶抑制剂leupeptin敏感，但对蛋白酶体抑制剂不敏感。对敲除小鼠的进一步实验表明，组织蛋白酶S有助于交叉呈现。缺乏组织蛋白酶S的DCs缺乏tap独立通路(Khor et al. 2008, Shen et al. 2004)。