在内体中的组织蛋白酶S或IRAP介导的蛋白水解产生的肽被加载到MHC I类分子上，其内化并转运至可加载抗原肽的早期和晚期内体隔室。内部化细胞表面类分子的一部分分子进入内吞囊泡中的MHC II类隔室（MIIC）（Gromme等，1999，Kleijmeer等，2001）。显微镜分析表明，表面MHC-1分子被内化并转运至早期和晚期内体隔室（Basha等，2008年，Lizee等，2003）。基于酪氨酸的内吞贩卖基序（YXXA）所需的从细胞表面MHC-I分子的（Lizee等2003岜等人，2008，）组成内化进入早期/晚期内涵体肽负载。进入这些内体隔室后，MHC类I复合物与外源衍生的抗原肽交换其预结合的肽。