高分辨率结构的自由，催化活性酵母Pol II和延伸形式揭示，Pol II延伸复合物包括如下特征:
- RNA-DNA杂交，生长的转录本3'- oh末端前的解绕模板和CTD底部的出口槽，可能是加工和转录因子的动态相互作用。
-由Rpb1和Rpb2亚基产生的裂口或通道，以容纳DNA模板，延伸到位于酶核心深处的Mg2+离子
一个50 kDa的“钳”，在自由聚合酶中开放确认，允许DNA链进入，但在过程延伸阶段关闭。
该钳夹由Rpb1、Rpb2和Rpb3的部分组成，5个回路或“开关”，它们从未折叠的结构转变为稳定延伸复合物的良好折叠结构，以及一个从Rpb1亚基发出的长“桥接螺旋”，在Mg2+离子附近交叉。桥接螺旋被认为“弯曲”，像棘轮一样推动RNA-DNA杂交的3'端碱基对，使Pol II沿着DNA转移(Cramer et al.，2001;Gnatt et al ., 2001)。除了动态生化潜能外，Pol II还具有一系列功能，可作为招募和协调参与不同途径的额外酶和蛋白质的关键平台。
