这个超通路包括RNA转录产物进一步共价和非共价修饰以产生成熟形式的过程，以及这些过程的调控。注释的途径包括封顶、剪接、3'-切割和聚腺苷酸化，以生成从细胞核输出的成熟mRNA分子(Hocine et al. 2010)。mRNA编辑和无意义介导的衰变也被注释。本文描述了导致mRNA分解的过程:依赖于deadenylation的mRNA衰变，microrna介导的RNA切割，以及结合AU-rich元素的蛋白质对mRNA稳定性的调控。这里也注释了psnRNP程序集。

成熟trna的氨基酰化作为“翻译”的一部分，在“蛋白质代谢”超通路中进行了注释。