大多数真核细胞mrna的翻译起始依赖于5'-cap (m7GpppN)，包括对5'非翻译区域(5'-UTR)的核糖体扫描，以确定起始AUG起始密码子。因此，这种机制通常被称为cap依赖的翻译启动机制。在扫描过程中，邻近的帽，以及围绕着AUG密码子的核苷酸，影响着起始位点识别的效率。但是，如果识别位点足够差，扫描核糖体亚基会忽略和跳过潜在的起始aug，这种现象称为漏扫描。泄漏扫描允许一个信使rna编码不同的蛋白质在他们的氨基末端。Merrick(2010)概述了这一过程，并强调了几个尚未完全理解的特点。

一些真核细胞和病毒mrna启动翻译的替代机制涉及内部启动而不是核糖体扫描。这些mrna包含复杂的核苷酸序列，称为内部核糖体进入位点，核糖体以不依赖于帽的方式结合，并在最近的下游AUG密码子开始翻译。
几种病毒和细胞mrna的起始是帽独立的，是通过核糖体与内部核糖体进入位点(IRES)元件的结合介导的。这些元件通常存在于mRNA的5'-UTR上具有特征的长结构区域，该区域可能有也可能没有调控上游开放阅读框(regulatory upstream open reading frames, uORFs)。mRNA 5'端上的这两个特征都阻碍了核糖体扫描，从而促进了不依赖帽子的翻译启动机制。IRESs作为特异的翻译增强子，在不同的反式作用因子的控制下，在特定的刺激下允许翻译启动，例如当病毒感染过程中帽依赖蛋白合成被关闭时。这些调控元件已经在生长因子、原癌基因、血管生成因子和凋亡调节因子的mrna中被发现，它们在各种应激条件下被翻译，包括缺氧、血清剥夺、辐射和凋亡。因此，帽子独立的翻译控制可能已经进化到在急性但短暂的应激条件下调控细胞反应，否则会导致细胞死亡，而同样的机制对于病毒mrna在感染后绕过宿主蛋白合成关闭具有重要意义。脑心肌炎病毒(EMCV)和丙型肝炎病毒例证了ires介导起始的两种不同机制。与帽依赖起始不同，eIF4F的eIF4A和eIF4G亚基直接结合EMCV起始密码子的上游，促进43S复合物的结合。因此，EMCV启动不涉及扫描，也不需要eIF1、eIF1A和eIF4F的eIF4E亚基。然而，一些emcv样IRESs上的起始需要额外的非典型起始因子，这些因子改变IRES的构象并促进eIF4A/eIF4G的结合。 Initiation on the hepatitis C virus IRES is simpler: a 43S complex containing only eIF2 and eIF3 binds directly to the initiation codon as a result of specific interaction of the IRES and the 40S subunit.