途径浏览器是观看和与反应中的途径进行观看和交互的主要方法。它包括分析数据集和探索路径的工具。这些工具允许多种类型的分析:

  • 途径过度表示分析和路径拓扑的分析
  • 一种途径的比较,其等同于另一种物种
  • 用户提供的表达数据覆盖到路径上
  • 将外部数据库或用户提供的蛋白-蛋白或蛋白-化合物相互作用数据叠加到通路上

有关分析工具的详细信息,请参见Reactome Tools章节。

路径浏览器可按网页上的“浏览路径”按钮启动:

路径浏览器按钮

当路线浏览器打开时,它会显示所有反应态途径的概述。途径在分层上组织,通常具有子路径。在最高分层级别,所有路径都在概述中表示。在中间水平上,途径通常表示为交互式插图,其可选区域充当到较低级别的链接,其表示为详细的途径图。Reactome的概述使用层次结构的唯一图形可视化,表示最上层层次的路径,作为中央节点(圆圈),与周围同心地(在环中的环绕)。许多人对“孩子的平道”进一步同心环。路径节点通过边缘(线)连接到它们的细分道。此概述显示所有路径,并允许快速缩放到详细信息。在缩放时,标签出现了SubPathway节点。此视图还用于显示数据分析结果。

概述中的节点链接到使用基于系统生物学图形表示法的样式的详细路径图。它们具有若干特征,旨在确保适当的信息水平细节,包括细胞链遮蔽和淡入标签,通常发生的小分子和结构。

要查看特定路径的详细信息,请选择并单击(或双击)表示路径的节点。或者,选择并单击左侧路径层次结构面板中的名称。

路径浏览器的功能标记在下图中。

途径浏览器标记为

Home - Reactome标志是一个链接到主页的按钮。

物种-反应是一个数据库策划的人类生物学途径。这些人类途径用于计算推断模式生物中的等效途径(详细描述)在这里)。使用物种下拉以选择物种并查看预测的路径。注意,显示出致病菌与人蛋白的相互作用的感染性疾病途径包括在同源Sapiens中。

布局 - 路径浏览器分为3个主要部分。这些是:层次结构面板,左侧,详细信息面板,右下方,通路面板,右上角。布局按钮允许您显示或隐藏这些面板。

分析数据 - 打开可以执行分析的面板。

钥匙-这打开了解释路径面板中存在的物体的钥匙。

缩放/移动工具栏 - 单击箭头以移动图表。单击加号和减号按钮可放大和缩小。或者,单击并拖动图表,然后使用鼠标滚轮缩放。

图中搜索 - 单击按钮以打开“搜索”面板。当显示概述或通路图时,可以搜索在显示的图表中表示的对象或所有图表。

适合页面 - 调整路径概述或图表以适合可用空间。

打开关系图—当在路径概述中选择路径节点时,此按钮将打开相应的路径图

插图 - 一些反应途径具有相应的高质量图形。选择此按钮以查看。

导出 - 使用此按钮下载路径概述或图表的可见区域,包括任何分析叠加,作为PNG文件或将其上传到Genomespace。

缩略图-在放大时提供整个路径的概述,以便只显示路径的一个区域。

途径面板 - 这是在路径层次结构中或在搜索结果中选择时显示路径图的情况。如果未选择途径,则此面板显示一条短暂的反应帮助指南。

详细信息面板-包含在路径图中选择的对象的详细信息。内容取决于对象的类型,如途径、反应、复合物、集合、蛋白质或小分子(见详细信息部分)。

层次结构面板 - 包括反应态途径和途径事件或步骤的分层组织,称为反应。打开路径浏览器时,仅示出了层次结构的顶级,作为反应的主要主题的按字母顺序列表。大多数主题太大,无法表示为单个图表。相反,它们被分成子路径,其可以进一步划分为子路径。大多数反应主题以这种层次方式组织。可以通过单击路径名称左侧的+图标,并通过单击 - 图标隐藏的+图标来揭示子路径。

设置侧栏 - 用于上下文敏感帮助,配置颜色方案和默认互动源。

路径名称前面有图标.当子路径被揭示时,在某个点上,反应将变得可见。反应名称前面有图标.您也可以看到图标代表“黑匣子”反应,其中省略了全部分子细节,以清楚起见,或细节不完全确定。

从层次组合面板上从上到下的反应顺序通常随着途径中的步骤而遵循它们的顺序,以便上述反应高于和后续反应,但情况并非总是如此。途径可能不是线性的;它们可以是圆形或分支的。因此,反应通常具有多种前后或随后的反应。这些连接的事件通常在途径图中可见,但可以是不同的通路图的一部分。要查看在反应前或遵循反应之前的事件的完整列表,请参阅“详细信息”面板中的前后事件部分,如下面的详细面板章节所述。

途径图

途径图表示作为一系列连接的分子事件的途径,在反应中已知为“反应”,其可以被认为是途径中的步骤。

蜂窝隔室用双边界表示为粉红色/橙色盒子。典型图具有一个盒子来表示细胞溶溶胶,由表示质膜的双线限定。此盒外的白色区域代表细胞外空间。其他细胞器在胞质溶胶中表示为额外的标记盒。

以图为蓝色/绿盒表示的分子被放置在生理学上矫正的蜂窝室中,或者位于隔室的边界上,以表示它们在相应的膜中,例如,血浆膜蛋白将放在胞质溶胶的边界上。

反应通常包括:

  • 输入和输出分子,以及相关催化剂时(见下图A)
  • 输入,输出和催化剂表示为盒子或椭圆形
  • 圆角的绿色盒子是蛋白质
  • 带正方形角落的绿色盒子是蛋白质,蛋白质没有uniprot加入(或者在产生反应时没有)。
  • 绿色椭圆形是小分子或一组小分子
  • 具有双边界的蓝色盒子是组,即功能上等同的蛋白质或小分子。
  • 具有剪切角落的蓝色框是复合物,即蛋白质和/或在多分子实体中结合的其他分子。
  • 绿色的盒子和白色的内盒子是子通道。
  • 反应输入和输出分子通过线连接到一个中心“反应节点”(由下图a中的绿色框包围)。单击此节点将选择反应。
  • 反应的输出与反应节点的连线上有一个箭头。
  • 反应输入/输出分子通常用箭头连接到前面或后面的反应(即路径中的前面/后面的步骤)。
  • 催化剂通过以圆圈的线连接到反应节点。
  • 输入/输出和反应节点之间的线路上的编号框表示反应中这种类型的分子数(当N> 1时)。
  • 调节反应的分子通过结束的线圈与反应节点连接,用于为正调节或用于负调节的'T'形头(参见下面的B)。
  • 在物体边界上标记的白色盒子表示磷酸化事件。
  • 也可以通过短短截线的线连接到显示组的一部分的蛋白质或小分子。
  • 具有重叠内容的集合可以通过长划线线连接。
  • 表示疾病过程的反应使用红色连接线。与疾病有关的物体用红色边框标出。

增强的高级图和细分图标

等级较高水平的许多途径太大,不能形为单个详细的途径图。相反,它们通常表示为一个插图,称为增强的高级图,它以图形方式表示作为图示的可选区域的细分。当鼠标指针移动在区域上时,它被蓝色突出显示'晕圈'包围。单击一个区域时,它在深蓝色中选择并概述时,在层次结构面板中选择了相应的子路线,详细信息面板更新显示了对象的详细信息。双击区域打开相应的详细路径图。

在Hierarchy面板中,具有增强的高级关系图的路径在其名称的左边有一个蓝色图标。

EHLD

少量级别的途径使用大型主题的较旧的可视化,其中Suppathways由具有绿色边界的框表示,细分路线图标(请参见下面的示例)。选择子曲线图标具有与选择如上所述的增强级路径图的区域相同的结果。

绿色盒子

在一些途径中,通过绿色盒子与其他相关路径的反应联系。为了区分儿童的相关血管道在与不同父途径的儿童的相同父途径(Subpathways)和相关的平视图中(交互途径),路径浏览器使用略微不同的字形,如下图所示。

互动互动

Subpathway Sading.

当路径图包含SubpPathways时,包含每个细分的区域都以彩色框重叠,标有SubPathway名称,以帮助在较大的图表中定位它。以下是Erbb4信令的图表。四个平道表示为4个盒装和阴影区域。

路径图放大细节级别

途径图表示不同的细节级别,具体取决于缩放级别。当完全缩小时,对应于Suppathways的区域是阴影。代表分子或分子组的盒没有文本标记和俗分子,例如水和ATP。在下一级的变焦水平,细胞直线阴影消失,而琐碎的分子和圆形红色图标表明蛋白质已知的交互器淡入视图。在更接近的缩放级别,将反应节点出现,如果化学计量大于1,则在将分子连接到反应节点的线上的数量的盒子。在此级别的缩放,如果显示其名称的互动器。在最高级别的变焦,如果可用的,蛋白质,小分子和互动者,从PDBE或CHEBI显示有关细节的结构图。

导航途径图

通路图,层次结构和细节面板是相互作用的。在图中选择实体(分子对象)或事件将显示详细信息面板中的相关信息。单击层次结构中的路径名称将打开“路径图”面板中的相应路径图,并在“详细信息”面板中显示了路径的详细信息。如果在显示的图表中包含过分链路,请单击层次结构中的名称将导致通路中的所有反应以蓝色突出显示。在下图中,血小板稳态的图表显示在途径面板中,并且在层次结构中选择了通过前列环素受体的亚途前列腺信号传导,导致该子通路中的所有反应被突出显示(蓝色)途径图。

subpathway选择

类似地,选择层次结构中的反应导致在途径图中突出显示的反应并更新细节面板以显示反应的细节。如果反应不在图的可见区域中,则视图将重新中心并缩放以显示。如果不是单击事件,则将鼠标指针悬停在其名称上,它将以黄色突出显示。在上图中,亚途径血小板钙稳态在黄色中突出显示。

入门

层次结构面板练习

这个练习是检查你是否理解层次结构小组的组织。您不需要查看图表面板。

从主页,搜索PDGF信令。

在结果页面中,单击+按钮,在路径浏览器中的Locations部分中打开可扩展的层次结构。在展开层次结构之前点击位置!这将在路径浏览器中打开路径图。

查看左侧的层次结构面板。

  1. 这个通路有多少个子通路?
  2. 第一个子途径中有多少反应?
  3. 什么反应遵循“从er到golgi的pdgf易位”?提示:查看详细信息面板,右下方。如果隐藏,请使用右上角的布局按钮,在图上方,以显示它。

细分练习

这个练习是检查您是否理解子路径图标以及路径层次结构和路径图之间的关系。

在路径浏览器中打开路径止血。

选择“血小板止血”亚途径。

  1. 如果将鼠标指针悬停在子路径上的子路径上的层次结构上的血小板钙止血'上的鼠标上会发生什么?
  2. 如果点击子路径的血小板钙止血的层次结构,会发生什么?
  3. 如果你点击“ATP与P2X受体结合”反应的层次会发生什么?

更多信息

有5个反应节点亚型,表明反应亚类。

  • 开放方块表示“转换”,即状态的更改不是已定义的子类之一。
  • 实心圈代表“协会”,即绑定
  • 双界圆圈代表“解离”
  • 具有两个斜线的正方形代表了“省略的过程”。当故意省略反应的完整细节时,使用这一点。这是最常用于包括大家庭代表成员的事件,以说明该组的一般行为。它可用于没有固定顺序或化学计量的反应,或用于输出是随机组片段的劣化事件。
  • 包含问号的方块代表一个“不确定的过程”,其中众所周知,反应的一些细节,但是该过程被认为比代表更复杂。说明细节通常包括在描述中。

反应节点练习

这个练习是检查您是否理解了反应节点子类型。

从主页,搜索路径“PIP2水解的影响”,并在路径浏览器中打开它(在几个位置中的任何一个)

  1. 什么符号代表“IP3与IP3受体结合”的反应吗?
  2. 什么符号代表反应' IP3R四聚体:I(1,4,5)P3:4xCa2+运输Ca2+从血小板密集管系到胞质?这是什么亚型反应?
  3. 从DAG打开Subpathway'arachidonate生产。Magl'2-Ag水解催化剂的名称是什么?你能说出这一反应的三个产出吗?
  4. 你能找到催化剂的Uniprot ID吗?提示:有几种方法可以找到这一点,两种要求你选择一些东西!
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