Reactome可以注释和显示与疾病相关的途径。反应性疾病注释包括癌症，代谢和免疫疾病以及传染病等。在可能的情况下，反应性疾病途径还包括相关治疗药物的相互作用。（疾病途径包含在层次结构中的单独顶级章节中，并指定在路径名称左侧的红色“+”符号。）

途径图：

疾病事件或过程在正常路径图中有显示吗提供疾病事件的背景信息。

疾病事件有红线;参与这些过程的异常分子用红色标出。

对于感染过程，感染剂生命周期和与感染剂的宿主相互作用所涉及的事件具有红色连接线。衍生自感染剂的分子以红色概述，而衍生自宿主的那些是正常的黑色。

与正常过程相比，疾病事件可能是函数丧失或功能损失。

对于功能丧失事件（其中蛋白质损失全部或大部分功能活性），疾病反应在相应的正常反应之上自动覆盖。功能丧失疾病实体用虚线的红线概述，并且不再制作的产品与叠加的红十字会灰色。这些函数损失事件代表了路径中的“停止点”。

对于功能性事件（其中蛋白质已获得未被野生型蛋白质未进行的新功能），疾病事件与正常事件一起表示。

当一个功能获得突变体执行正常功能时(例如，要么是更高的速率或效率，要么是以一种新的方式被激活)，这些疾病事件就会叠加在通路图中相应的正常事件上。

传染性疾病事件(在没有传染因子的情况下不会发生，因此没有正常对应物)有它们自己的图表。

毒品注释:

在适用的情况下，药物对疾病途径的影响是注释的。

详情面板：

疾病路径/事件的详细信息面板除了在正常路径/事件中显示的面板外，还有许多额外的面板。

疾病标签：

疾病事件和实体被标记为疾病术语，该术语取自疾病本体并在“疾病”小组中显示。

单个蛋白质用所有相关的疾病术语进行标记，而疾病实体集合则用代表集合中所有成员的最具体的术语进行标记。

在可能的情况下，疾病蛋白质链接到人类(在线继承在人)，

与癌症变异有关宇宙（癌症中躯体突变的目录）。

功能状态:

如上所述，疾病事件被标记为功能获得或功能丧失，并显示在“功能状态”面板中。

正常途径/反应:

在适用的情况下，相应的正常途径或反应在疾病事件的详细面板中被确定。

（关于如何从疾病转换为正常的描述，一旦我记得它是如何工作的）。

疾病实体：

疾病实体以分子详细说明。当疾病实体在图表中突出显示时，由于疾病中DNA序列的变化而引起的蛋白质序列的变化将显示在详细信息面板中。错义、无意义、移码、缺失和融合突变均有注释。请参阅下面的“更多信息”，了解这些注释的详细信息。

描述突变体蛋白鉴定的主要参考文献是注释的，但目前尚未在网站上显示此信息。还要注意，在网站上，这些遗传修改在与磷酸化之类的翻译后修改相同的面板中显示，因此（MIS）标记为“翻译后修改”。

畸形突变：

删除突变:

药物：

药物是相互参照的Chebi.和iuphar.在可能和适用的情况下，当在图中突出显示药物时，此信息显示在详细信息面板中。

开始：

例1:疾病中的药物-靶标相互作用：

囊性纤维化跨膜电导调节剂(CFTR)是一种低电导氯选择性通道，介导氯离子在人气道上皮细胞中的运输。氯离子在维持肺上皮分泌物的稳态中起着关键作用。CFTR缺陷可导致囊性纤维化(CF)，导致离子失衡，不仅在肺中，而且在胰腺、胃肠道和肝脏中损害分泌物的清除。CFTR基因中已经发现了1500多个突变。

涉及CFTR F508DEL的功能致功能事件：

在CFTR中缺苯丙氨酸508是最普遍的突变导致囊性纤维化。F508缺失导致反稳定性和随后的靶向反转劣化机械（ERAD）的共同转化降解。F508del通过Erad相关的E3切割酶ubiquited，包括RNF5和RNF185，靶向VCP介导的反转扩张和26S蛋白酶体降解。这些事件是突变蛋白的新颖，在“ABC转运障碍”疾病图中表示。

CFTR突变体的功能丢失事件:

一些功能丧失的CFTR突变体被适当地运输到质膜，但不能将氯离子运输到细胞外空间。这些在相应的WT反应的覆盖层中表示为功能丧失事件，并在“ABC转运障碍障碍”疾病图中显示。

囊性纤维化的药物相互作用：

CF患有特定突变的患者G551D，当给予药物IVACAFTOR时显示出肺功能改善。显示IVAcaftor结合突变蛋白（上述右上）和下列反应（中枢）的反应显示恢复的沟道功能。

例2 -随着时间推移底物积累引起的疾病：

在Reactome的特殊情况下，描述特定底物代谢的反应在正常生理中发生，但随着时间的推移，底物的积累导致有毒后果，可导致疾病。例如神经退行性疾病，如阿尔茨海默病和帕金森氏病，慢性阻塞性肺病和视网膜黄斑变性。

双维甲酸A2E(二维甲酸-吡啶-乙醇胺)是脂褐素的主要成分，脂褐素是一种黄褐色色素颗粒，主要由脂类、糖和某些金属组成，其积累与退行性疾病有关。在眼睛中，A2E是光感受器外椎间盘膜中2分子全跨视网膜和磷脂酰乙醇胺缩合的最终产物。一旦形成，A2E与外节段一起被吞噬到视网膜色素上皮细胞(RPE)，并在那里聚集。目前还没有证据表明A2E可以被分解。

脂褐素积累与视网膜变性的关系由1型Stargardt病阐明。因为这些反应可以被认为是“正常的”(它们作为类维生素a正常代谢的一部分发生)，也可以被认为是致病的，所以它们出现在正常的通路图(视觉光转导)中并被染成红色。

为了在图的疾病视图中显示，这些反应被添加为“与视觉转导相关的疾病”的疾病通路的组成部分。这些反应现在将显示在正常和疾病图表中。

入门

练习：

1. 搜索途径FGFR1突变受体激活并打开它。什么疾病是与这种途径有关的？（提示：查看详细信息部分中的描述选项卡）。
2. 搜索反应有缺陷MMADHC不绑定MMACHC：B12R。什么类型的缺陷导致这种功能丢失？（提示:查看功能状态类别的反应）。
3. 有多少MMADHC突变？

更多信息：

注释疾病途径蛋白质序列的遗传改变：

以下图像显示了描述对蛋白质序列可能修饰之间的关系的反应数据模型的一部分。亚类“遗传学映射residue”用于疾病实体的注释，而“翻译模型”用于注释磷酸化，酰化，交联和其他类似的非遗传事件等过程的结果。这里将不会进一步描述翻译模块。

取代残基类用于氨基酸取代。这类也用于“简单的”无义突变，改变编码氨基酸为终止密码子。

FragmentModification类通过基因中的插入和删除描述了对编码序列的更广泛的更改，并包括三个子类：

• FragmentDeletionModification用于氨基酸的帧内删除
• FragmentSertionmodification用于氨基酸的框内插入，包括导致融合蛋白的基因组事件
• fragmentreplacedmodify用于帧移位。

下面进一步描述每个注释类型的示例。

简单的畸形突变：HHAT G287V

刺猬（HH）是一种分泌的形态学，调节脊椎动物的许多发育过程，包括肢体开发和神经管图案化等。HH配体的成熟包括许多蛋白水解加工和脂质改性步骤。将这些修饰需要与影响这些过程的分泌细胞的正常转发到分泌细胞的表面和影响这些过程的突变，而废除HH配体分泌，废除HH信号和疾病。

Hhat是一种丙烯酸盐的O-酰基转移酶Hh的N-末端片段。在罕见的综合征46 XY性发展疾病中鉴定了HHAT中的G287V失去功能突变，这导致睾丸功能生效。该突变体不能棕榈酰酸盐HH配体。当实体在图中突出显示时，氨基酸替换的细节显示在“详细信息”面板中：

简单的无义突变:

该疾病“ehlers-danlos综合征，肌肉转移型1”（EDSMC1）是由碳水化合物磺旋转转移酶14（CHST14）基因的功能丧失突变引起的。导致这种疾病的无意义突变是CHST14基因中的205A-T转化，导致Lys69 - TER（K69 *）取代。这在细节面板中表示为“L-Lysine 69替换为未知”。

FragmentDeletionModification：

该类用于氨基酸的内框内缺失，导致内截断的蛋白质。这些变体被命名为“核心蛋白名称”[缺失的Deletion_last氨基酸的第一个氨基酸] Del，如下所述，如下所述的PIK3R1 Y463_L466DEL，其缺失残留物Y463至L466，包括：

FragmentInsertionModification

该类用于氨基酸和融合蛋白的框内插入。

在坐标系插入:

这些变体被命名为“核心蛋白名称”[aa在insertion_aa之前，在insertion_aa之后]in[插入aa 's]。插入残基的氨基酸串被手动添加到突变蛋白名称中，如下图所示，EGFR V738_K739insKIPVAI。这代表了一种变体，来自EGFR的739-744氨基酸(KIPVAI)插入到EGFR的aa 739位点，因此是这些残基的重复:

融合蛋白：

FragmentInsertionModification类也用于注释由于基因组变化而产生的蛋白质，这些变化将两个基因结合在一起，从而产生融合蛋白，如下面描述的ZMYM2-FGFR1融合。这种融合让ZMYM2二聚地区(1 - 914)一起FGFR1的激酶结构域受体(残留429 - 822)和导致激酶结构域的组成性激活由于ligand-independent二聚(供参考,这两个蛋白的全长aa序列1 - 1377和1 - 822 ZMYM2 FGFR1、分别)。

按照惯例，融合的N-末端伴侣被设定为变体蛋白的参考蛋白，而C末端融合伴侣序列被捕获在FragmentSertionmodification记录中，如下面的Zmym2-FGFR1融合的例子中：

根据每个相应的WT参考基因产物对融合蛋白中的任一伴侣的翻译后修饰被编号，并且不反映融合中的AA位置。例如，如果在融合蛋白的上下文中，FGFR1合作伙伴在（WT FGFR1位置）y766磷酸化，融合Ewas将是ZmyM2-Py766-FGFR1，尽管在线性序列中，磷酸化在残留物1250处发生磷酸化。融合（913+（766-429））。

fragmentreplacedmodification.

该类用于注释改变蛋白质氨基酸序列的移码突变，如EXT1的情况，如下所述。

“遗传性多次失望1”（EXT1）是由拒如戊蛋白1（EXT1）中的功能突变引起的。一种这样的突变是ext1基因中的核苷酸1469处的1-BP缺失，导致在下游的过早止血沉积物九个氨基酸的框架突变。这种类型的变体名为“核心蛋白质名称“[AA在插入之前*（AA的数量为第一个停靠密码子）]。作为框架的结果发生的新型氨基酸在突变蛋白记录中鉴定，如下图所示，对于Ext1 L490RFS * 9：

对于与癌症相关的过程，在同一图表中查看改变的疾病事件和正常的对应事件是有用的。使用者可以看到正常的过程在哪里分化成与癌症有关的过程。

对于代谢过程，已经损失了所有或大部分功能活动的蛋白质朝向基质导致大多数缺陷。该图显示这些疾病反应是途径中的“停止点”。有缺陷的酶催化剂被红色虚线概述;不再制造的产品被灰色的红十字显示出灰色。