相互作用是基于我们存储在复合物和反应上的数据而产生的，也就是说，由Reactome提供的相互作用不是经过筛选的，也不是实验数据。此外，在人类以外的物种中，配合物和反应是由相应的人类配合物和反应的同源推理而得到的。

“相互作用”的含义是相当广泛的:2个蛋白质序列发生在同一个复合物或它们发生在同一个反应中。

第一行以'#'开头，给出了惟一交互的数量，即如果UniProt登录号，惟一交互对。

文件的其余部分用tab分隔，列有以下含义/内容:

• 相互作用体1的蛋白ID(如UniProt accession)。
• 作用子1的集成基因id(以'|'分隔)。注意，一个UniProt条目可能被映射到多个Ensembl基因。
• Entrez基因id(以'|'分隔)为1号作用体。注意，一个UniProt条目可能被映射到多个Entrez Gene id。
• 相互作用体2的蛋白ID(如UniProt accession)。
• 作用子2的集成基因id(以'|'分隔)。注意，一个UniProt条目可能被映射到多个Ensembl基因。
• Entrez基因id(以'|'分隔)为第2个交互体。注意，一个UniProt条目可能被映射到多个Entrez Gene id。
• 交互类型，可以是'direct_complex'， 'indirect_complex'， 'reaction'或' neighbor_reaction '。下面这些词的意思。
• 交互上下文。这是Reactome实例的类和内部标识符，通过它进行交互。对于' neighbor_reaction '类型的交互，它包含一对由''分隔的class:identifier字符串。
• 支持此交互的以逗号分隔的PubMed标识符列表。对于一个反应，这些是来自反应的PMIDs。literatureReference槽(而不是来自“第二层”react . summary .literatureReference)。对于一个配合物来说，这些都来自产生配合物的反应。对于' neighbor_reaction '类型的交互，这个字段是空的。

交互类型

在Reactome中，配合物可以任意嵌套，即包含子配合物。这里我们有复合物C1由复合物C2和C3组成。C2由分子A和分子b组成，C3由分子C和分子D组成:

c——c——a | | | |- b | |- c3——c | |- d

下面是交互类型:

• 交互器直接在同一个复合物中，即w/o进一步嵌套复合物。从示例中可以看出，A、B和C是这种类型的交互。
• 一个复合物的不同子复合物中的相互作用者。从上面的例子来看，交互AC、AD、BC和BD就是这种类型的。
• 反应-相互作用者参与同一反应。只有这些反应是报道的，其中的诱导体是不复杂的(除了缔合解离反应报道)。
• 邻反应-相互作用者参与2个“连续”反应，即当一个反应产生一个物理实体，该实体是另一个反应的输入或催化剂。然而，为了避免“琐碎的”(如在ATP, ADP等)相互作用，计算是使用'precedingEvent'属性完成的，该属性用于在路径中排序反应。

'direct_complex'类型并不真正意味着真正的成对交互。例如，Reactome代表的核糖体S60亚基“直接”由40+蛋白组成，没有亚复合物。显然，这并不意味着每一个组成蛋白质都直接与其他蛋白质相互作用。因此，'direct_complex' vs。区分'indirect_complex'是没有意义的。

另注:

• 如果相同的交互(即相同的UniProte登录对)发生在多个上下文中，则每个上下文中报告在单独的行上，因此文件中的行号大于第一行报告的惟一交互的数量。
• 一行上的交互程序顺序没有意义(它们只是根据Reactome内部标识符排序……)。每一次与上下文的交互都被报告一次，即AB不被报告为BA。