Reactome提供开源和公开数据.我们一直支持主要的开放数据标准,包括BioPAX,PSI-MITAB,用和SBGN导出格式。Reactome的数据和源代码在知识共享许可协议的条款下继续向公众开放。请参阅我们的许可协议.
图形数据库
有关Reactome图形数据库安装的更多信息,请参阅开始部分的图形数据库文档的开发人员指南.
服务和GitHub存储库
标识符映射文件
映射文件将源数据库标识符连接到最低层次路径图或路径子集、路径层次结构的所有级别或数据库标识符到所有反应。阅读更多 的格式。
- 最低层次路径图/路径子集
- 所有反应的数据库标识符
Physical Entity (PE)标识符映射文件
映射文件将源数据库标识符链接到最低级别的路径图或路径的子集。阅读更多 的格式。
- 最低层次路径图/路径子集
- 所有反应的数据库标识符
其他映射
- BioModels,途径
- 反应PMIDs-阅读更多 的格式
- Reactome到人类-阅读更多 的格式
- 蛋白质作用的反应-阅读更多 的格式
通路
- 路径信息。阅读更多 的格式。
图标
的图标映射文件将源数据库标识符链接到图标库的元素。这个文件夹包含许多不同的映射文件,以反映不同的源数据库。阅读更多 的格式。
复合物
Reactome外部标识符
来自Reactome途径的蛋白质-蛋白质相互作用
推断出复合物中所有蛋白质成分之间的相互作用。为了限制假阳性推论的产生,只考虑含有四种或更少蛋白质成分的复合物。更多的信息
- PSI-MITAB格式 交互文件
- 一样的格式 交互文件
专门的数据格式
- 基因协会文件(去注释在Reactome)
- 人类的反应在用(级别3,版本1)格式
- 所有物种的反应在用(级别3,版本1)格式
- 事件BioPAX级别2格式。
- 事件BioPAX三级格式。
- 人类的路径图在SBGN格式。
- 反应通路基因集.
- Protégé 2.0本体文件用于Reactome数据模型。
功能相互作用(FIs)来源于Reactome等途径和相互作用数据库
有关金融机构的详情,请参阅吴光国,冯旭,施泰因.使用这些FI网络,请尝试我们的ReactomeFIViz Cytoscape应用.
MySQL转储的Reactome数据库
内容管理软件
策展人工具是为了供策展人使用,以Reactome模式为基础注释生物路径。请注意,此工具只适用于使用我们内部数据库格式的数据库;这个网页提供的数据库将不能与他们一起工作。