Reactome Graph Database，也称为面向图的数据库，是一种NoSQL数据库，使用图论存储、映射和查询与数据内容相关的关系。每个节点代表一个实体(如路径、反应或蛋白质)，每个边代表两个节点之间的关系。图数据库中的每个节点都由一个惟一标识符、一组出边和/或入边以及一组表示为键/值对的属性定义。每条边都由一个惟一标识符、一个起点和/或终点节点和一组属性定义。

密码是Neo4j的开放图形查询语言。Cypher的语法提供了一种熟悉的方法来匹配图中的节点和关系模式。如果你想了解更多关于什么是Cypher，请访问以下关联．

图数据库非常适合分析相互联系，这就是为什么人们对使用图数据库来挖掘生物途径和反应的数据很感兴趣。Reactome Graph数据库有许多优点，其中之一是它在管理数据方面的响应性。此外，即使数据查询呈指数级增长，与关系数据库相比，图形数据库的性能也不会下降。当软件开发人员处理数据时，他们寻求的是灵活性和可伸缩性。我们的Graph Database在这方面做出了很大的贡献，因为当需求增加时，向现有图表添加更多节点和关系的可能性是巨大的。

参与分子用例

本教程介绍如何使用Cypher查询Reactome。假设读者对密码有基本的了解，也了解我们的语言数据模型以及数据是如何存储在我们的模式．

即使它不可能覆盖Reactome图形数据库中所有可能出现的问题在一个单一的教程，在这个文件建立一个查询，这将获取给定的路径的每一个参与分子的资源和标识的章节。有达到该点之前说明了几个中间阶段：

1. 如何检索蛋白质、反应、途径等对象。
2. 如何获得蛋白质或化学物质的标识符
3. 如何解构复合体或集合来获得它们的参与者
4. 如何检索给定路径的子路径
5. 如何检索通路的反应
6. 如何检索反应的参与者

上面的枚举表示碱性砖从中构建检索最终查询参与的分子对于给定的通路．

根据他们的标识符检索对象

找回路径"抗原processing-Cross演讲“标识符r - hsa - 1236975，查询如下：

//通过其稳定标识符MATCH选择一个通路（通路：通路{STID： “R-HSA-1236975”}）返回路径

查询的结果是:

╒═════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╕│pathway│╞═════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╡│{speciesName：智人，oldStId：REACT_111119，isInDisease：假，RELEASEDATE：2011-09-20，显示名：抗原││处理-交叉呈递，stIdVersion：R-HSA-1236975.1，DBID：1236975，releaseStatus：更新，名称：[抗原││处理-交叉呈递]，STID：R-HSA-1236975，hasDiagram：假，isInferred：假}│└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

同样，让我们关注一个EntityWithAccessionedSequence（EWAS），它对应于反应组中的一种蛋白质PTEN在里面胞质带标识符r - hsa - 199420

//通过其稳定标识符匹配选择EWAS（EWAS:EntityWithAccessionedSequence{stId:“R-HSA-199420”}）返回EWAS

结果是数据库的一个节点:

╒════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╕│ewas│╞════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╡│{speciesName：智人，startCoordinate：1，isInDisease：假，显示名：PTEN [胞质溶胶]，DBID：199420，名称：[PTEN，││磷脂酰肌醇-3,4,5-三磷酸3-磷酸PTEN，PTEN_HUMAN，MMAC1，TEP1]，引用类型：ReferenceGeneProduct，││endCoordinate：403，STID：R-HSA-199420}│└────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

蛋白质或化学物质的标识符

继续使用相同形式的PTEN，另一个用例可能是仅检索目标节点的两个字段。下面的查询检索EWAS显示名称和它的标识符(来自引用实体):

//以下为了得到所述标识符匹配参考实体链路（EWAS：EntityWithAccessionedSequence {STID： “R-HSA-199420”}），（EWAS） -  [：referenceEntity]  - >（RE：ReferenceEntity）RETURN ewas.displayNameAS EWAS，re.identifier AS标识

请注意标识符不是直接存储在EWAS的节点中，而是从EWAS指向的另一个节点的属性ReferenceEntity．前面的查询访问从EWAS节点以下的referenceEntity边缘。查询结果如下所示:

╒══════════════╤══════════╕│ewa││标识符╞══════════════╪══════════╡│PTEN(胞质)│P60484│└──────────────┴──────────┘

提示:比赛前面查询的一部分可以写在一行中，如下所示：

//相当于前一个匹配（ewas:EntityWithAccessionedSequence{stId:“R-HSA-199420”}）-[：referenceEntity]->（re:referenceEntity）返回ewas.displayName作为ewas，re.identifier作为标识符

继续，有可能构造查询检索参考数据库在以前检索到的字段之上。请注意，在这种情况下参考数据库是一个节点指出从ReferenceEntity通过所谓的边缘referenceDatabase：

//遵循引用实体和数据库链接以获取标识符和引用匹配的数据库（ewas:EntityWithAccessionedSequence{stId:“R-HSA-199420”}），（ewas）-[：referenceEntity]->（re:referenceEntity）-[：referenceDatabase]->（rd:referenceDatabase）返回ewas.displayName作为ewas，re.identifier作为标识符，rd.displayName作为数据库

╒══════════════╤══════════╤════════╕│ewa│││数据库标识符╞══════════════╪══════════╪════════╡│PTEN(胞质)│P60484│UniProt│└──────────────┴──────────┴────────┘

分解复杂的东西和集合来得到他们的参与者

复合体的组件（也是物理实体）存储在“hasComponent”插槽中。让我们使用“复合体”Ag-substrate: E3: E2:乌兰巴托“标识符r - hsa - 983126例如:

//具有稳定标识符R-HSA-983126的复合体的一级组件匹配（复合体{stId:“R-HSA-983126”}）-[：hasComponent]->（pe:PhysicalEntity）将pe.stId作为组件返回，将pe.displayName作为组件返回

查询的结果是

╒══════════════╤═══════════════════════════════════════════════╕│component_stId│component│╞══════════════╪═══════════════════════════════════════════════╡│R-NUL-983035│antigenic衬底[胞质溶胶]│├──────────────┼───────────────────────────────────────────────┤│R-HSA-976075│E3连接酶在蛋白酶体降解的[细胞溶质]│├──────────────┼───────────────────────────────────────────────┤│R-HSA-976165│Ubiquitin：E2酶缀合[细胞溶质]│└──────────────┴───────────────────────────────────────────────┘

在这个例子中，“蛋白酶体降解中的E3连接酶“是一个集和”蛋白酶体降解中的E3连接酶是一个复杂的问题。为了进一步解析初始的复杂结构，需要对Cypher查询进行一些小的修改。集合可以是DefineSets, OpenSets或CandidateSets。找出其他物理实体是它们的一部分的方法是“穿越”hasMember“或”hasCandidate“槽下面的查询将打破初始复到它的所有参与者：

//对于复杂的具有稳定的标识符R-HSA-983126 MATCH所有不同的部件（复杂{STID： “R-HSA-983126”}） -  [：hasComponent | hasMember | hasCandidate *]  - >（PE：PhysicalEntity）RETURN DISTINCTpe.stId AS component_stId，pe.displayName AS组分

该查询返回284个实体V63：

╒════════════════╤════════════════════════╕ │ 成分分析│ 组成部分│ ╞════════════════╪════════════════════════╡ │ R-HSA-141412│ CDC20[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174242│ ANAPC7[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174211│ ANAPC5[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174052│ CDC26[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174244│ UBE2C[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174126│ ANAPC11[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174156│ CDC16[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174189│ ANAPC1[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174100│ UBE2E1[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174229│ ANAPC2[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174168│ ANAPC4[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174073│ CDC27[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174137│ CDC23[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174142│ ANAPC10[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-174236│ UBE2D1[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-976009│ CBLB[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-976042│ MKRN1[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-939214│ UBB（1-76）[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-939213│ UBB（77-152）[胞质溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │ R-HSA-939239│ UBC（533-608）[细胞溶胶]│ ├────────────────┼────────────────────────┤ │... │... │ └────────────────┴────────────────────────┘

检索途径，subpathways和superpathways

在这个例子中，我们关注的是路径"I类MHC介导的抗原加工和演示“标识符R-HSA-983169．要找出它的子路径，要查询的槽是“哈塞特"：

//具有稳定标识符R-HSA-198933 MATCH (p: pathway {stId:"R-HSA-983169"})-[:hasEvent]->(sp: pathway) RETURN p.stId AS pathway, sp.stId AS SubPathway, sp. DisplayName AS DisplayName

v63的结果返回3个子路径：

╒════════════╤═════════════╤══════════════════════════════════════════════════════════════════════════╕││通路SubPathway││DisplayName╞════════════╪═════════════╪══════════════════════════════════════════════════════════════════════════╡│- hsa - 983169│r - hsa - 983168│抗原处理:泛素化与蛋白酶体降解│├────────────┼─────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 1236975演示││抗原processing-Cross├────────────┼─────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983170│抗原表示:我折叠、装配和加载的类肽MHC│└────────────┴─────────────┴──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

需要注意的是，子路径可能包含其他子路径，因此要获取R-HSA-198933的所有子路径，查询如下：

//具有稳定标识符R-HSA-198933的路径的所有子路径匹配（p:pathway{stId:“R-HSA-983169”}）-[：hasEvent*]->（sp:pathway）返回p.stId作为路径，sp.stId作为子路径，sp.displayName作为displayName

在这种情况下subpathways的数量增加至7：

╒════════════╤═════════════╤══════════════════════════════════════════════════════════════════════════╕ │通路│辅道│显示名│ ╞════════════╪═════════════╪══════════════════════════════════════════════════════════════════════════╡ │R-HSA-983169│R-HSA-983170│抗原呈递：I类MHC的折叠、组装和肽装载│ ├────────────┼─────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-983169│R-HSA-1236975│抗原处理交叉呈递│ ├────────────┼─────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-983169│R-HSA-1236978│可溶性外源性抗原（内体）的交叉呈递│ ├────────────┼─────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-983169│R-HSA-1236977│内体/液泡途径│ ├────────────┼─────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-983169│R-HSA-1236974│内质网吞噬体途径│ ├────────────┼─────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-983169│R-HSA-1236973│颗粒外源性抗原（吞噬体）的交叉呈递│ ├────────────┼─────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-983169│R-HSA-983168│抗原处理：泛素化和蛋白酶体降解│ └────────────┴─────────────┴──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

按照同样的方法，检索超级路径就像在查询中改变边缘的方向一样简单:

//Direct superpathway for the pathway with stable identifier R-HSA-198933 MATCH (p: pathway {stId:"R-HSA-983169"})<-[:hasEvent]-(sp: pathway) RETURN p.stId AS pathway, sp.stId AS superpathway, sp. DisplayName AS DisplayName

它然后将检索包含R-HSA-198933唯一的一个途径：

╒════════════╤═════════════╤══════════════════════╕│Pathway│SuperPathway│DisplayName│╞════════════╪═════════════╪══════════════════════╡│R-HSA-983169│R-HSA-1280218│Adaptive免疫System│└────────────┴─────────────┴──────────────────────┘

作为子路径，超级路径可能有其他超级路径，所以遵循"哈塞特“老虎递归将显示所有superpathways到根：

// ALL superpathways用于与稳定标识符R-HSA-198933 MATCH通路（P：途径{STID： “R-HSA-983169”}）< -  [：hasEvent *]  - （SP：通路）RETURN p.stId AS通路，sp.stId AS超途径，sp.displayName的显示名称

v63中的R-HSA-198933有两条超级通道：

╒════════════╤═════════════╤══════════════════════╕││通路SuperPathway││DisplayName╞════════════╪═════════════╪══════════════════════╡│- hsa - 983169│r - hsa - 1280218适应性免疫系统││├────────────┼─────────────┼──────────────────────┤│r - hsa - 983169 r - hsa - 168256免疫系统│││└────────────┴─────────────┴──────────────────────┘

检索特定途径的反应

继续这个途径"I类MHC介导的抗原加工和演示“标识符R-HSA-983169，为了获得直接包含在其中或作为其子路径一部分的所有反应，查询必须递归地遍历“哈塞特“ 投币口：

//所有具有稳定标识符R-HSA-198933 MATCH (p: pathway {stId:"R-HSA-983169"})-[:hasEvent*]->(rle:ReactionLikeEvent) RETURN p.stId AS pathway, rle. MATCH (p: pathway {stId:"R-HSA-983169"})-[:hasEvent*]->(rle:ReactionLikeEvent) RETURN p.stId AS pathway, rle. MATCH (p: pathway {stId:"R-HSA-983169"})stId AS反应。displayName作为ReactionName

如下表所示，该途径包含v63的51个反应：

╒══════════════╤═══════════════╤═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╕│││途径反应ReactionName│╞══════════════╪═══════════════╪═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╡│- hsa - 983169│r - hsa - 983148与MHC类Erp57我HC││交互├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 8951499│加载在上课我MHC抗原肽│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│r - hsa - 983169 r - hsa - 983146││交互的beta-2-microglobulin (B2M)链类我HC│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983145│绑定新合成的MHC类我重链(HC) calnexin│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983144│运输抗原肽的ER│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 203979│外套组装│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983142│形成肽加载复杂(PLC)│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤││r - hsa - 983169r - hsa - 983427│我绑定类肽MHC的表达在细胞表面│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983138││MHC heterotrimer ER出口运输站点├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983426│获取货物和形成prebudding复杂│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983425│招聘Sec31p: Sec13p prebudding复杂而形成COPII泡│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983424 COPII涂布囊泡││萌芽├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983422│拆卸COPII有被小泡│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983421│之旅货物通过高尔基氏复合体│├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤│- hsa - 983169│r - hsa - 983161│抗原肽的分离:MHC: B2M肽加载复杂│ ├──────────────┼───────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │... │... │... │ └──────────────┴───────────────┴───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

检索反应的参与者

在这种情况下，我们使用反应"IKKB磷酸化SNAP23“标识符r - hsa - 8863895．反应有输入、输出、催化剂和规则，所以要了解反应的参与者，必须考虑所有这些槽。请注意，作为催化剂的物理实体存储在类别“CatalystActivity”的“physicalEntity”槽中，属于法规的物理实体存储在类别“regulation”的“regulator”槽中。所以查询如下:

//反应r - hsa -8863895 MATCH (r: reactive likeevent {stId:" r - hsa -8863895"})-[:input|output|catalystActivity|physicalEntity|regulatedBy|regulator*]->(pe: physicalEntity) RETURN DISTINCT r.stId AS reaction, pe。stId作为参与者，pe。displayName作为displayName

它的结果是6个物理实体，其中两个都是复合物：

╒═════════════╤═════════════╤═══════════════════════════════════════════════════╕ │反应│参与者│显示名│ ╞═════════════╪═════════════╪═══════════════════════════════════════════════════╡ │R-HSA-8863895│R-HSA-168113│CHUK:IKBKB:IKBKG[细胞溶胶]│ ├─────────────┼─────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-8863895│R-ALL-113592│ATP[细胞溶胶]│ ├─────────────┼─────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-8863895│R-HSA-8863966│SNAP23[吞噬泡膜]│ ├─────────────┼─────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-8863895│R-HSA-8863923│p-S95-SNAP23[吞噬泡膜]│ ├─────────────┼─────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-8863895│R-ALL-29370│ADP[细胞溶胶]│ ├─────────────┼─────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │R-HSA-8863895│R-HSA-937033│低聚MyD88:Mal:BTK:激活的TLR[质膜]│ └─────────────┴─────────────┴───────────────────────────────────────────────────┘

如上所示，为了将复杂和集合分解为它们的参与者，必须考虑“hasComponent”、“hasMember”和“hasCandidate”槽。将它们添加到前面的查询中将检索反应的所有参与者:

//反应R-HSA-8863895的所有参与分子匹配（R:ReactionLikeEvent{stId:“R-HSA-8863895”}）-[：输入|输出|催化活性|物理量|由|调节器| hasComponent | hasMember | hasCandidate*.]->（pe:physicalEntity）返回不同的R.stId作为反应，pe.stId作为参与者，pe.stId作为displayName作为displayName

修改后，查询结果在v63中增加到43个物理实体：

╒═══════════════╤═══════════════╤══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╕ │ 反应│ 参与者│ 显示名│ ╞═══════════════╪═══════════════╪══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╡ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-168113│ CHUK:IKBKB:IKBKG[细胞溶胶]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-168114│ IKBKB[细胞溶胶]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-168104│ CHUK[细胞溶胶]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-168108│ IKBKG[细胞溶胶]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-ALL-113592│ ATP[细胞溶胶]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-8863966│ SNAP23[吞噬泡膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-8863923│ p-S95-SNAP23[吞噬泡膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-ALL-29370│ ADP[细胞溶胶]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-937033│ 低聚MyD88:Mal:BTK:激活的TLR[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-937013│ MyD88低聚物[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-937017│ MYD88[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-2201325│ 活化TLR2/4:p-4Y-MAL:PI（4,5）P2:BTK[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-5365824│ p-4Y-TIRAP:PI（4,5）P2[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-ALL-179856│ PI（4,5）P2[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-2201321│ p-4Y-TIRAP[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-181230│ 活化的TLR1:2或TLR 2:6异二聚体或TLR4同二聚体[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-181410│ TLR6:TLR2:配体：CD14:CD36[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-2559461│ TLR6/2配体：CD14:CD36[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │ R-HSA-8863895│ R-HSA-166033│ GPIN-CD14（20-345）[质膜]│ ├───────────────┼───────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤ │... │... │... │ └───────────────┴───────────────┴──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

连接片段：一条通路的参与分子

本教程的目的是描述对Reactome Graph数据库的一系列不同查询，这些查询将检索给定通路中每个参与分子的资源和标识符。最后一个示例将演示如何将前面描述的所有单个查询连接到一个查询中。

从路径开始"I类MHC介导的抗原加工和演示“标识符R-HSA-983169首先，我们需要找出其中包含的所有反应。对于每个反应，我们希望找到它们的参与者，对于复合物和集合的情况，我们希望将它们分解为单个物理实体。最后，对于每个物理实体，我们感兴趣的是它们的标识符和资源：

//途径R-HSA-983169的所有参与分子匹配（p:pathway{stId:“R-HSA-983169”}）-[：hasEvent*]->（rle:ReactionLikeEvent），（rle）-[：输入|输出|催化活性|物理实体|由|调节器| hasComponent | hasMember | hasCandidate*.]->（pe:PhysicalCalentity），（pe）-[：referenceEntity]->（re:referenceEntity）->（rd:ReferenceDatabase）返回不同的re.identifier作为标识符，rd.displayName作为数据库

对于version 63，该途径有463个参与分子，如下图所示:

╒════════════╤══════════╕│││数据库标识符╞════════════╪══════════╡│P11021│UniProt│├────────────┼──────────┤│P27824│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30501│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30486│UniProt│├────────────┼──────────┤│P01893│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30447│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30685│UniProt│├────────────┼──────────┤│P18465│UniProt│├────────────┼──────────┤│P18464│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30460│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30490│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30495│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30493│UniProt│├────────────┼──────────┤│P13747│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30488│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30511│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30483│UniProt│├────────────┼──────────┤│P30462│UniProt│├────────────┼──────────┤│P04439│UniProt│├────────────┼──────────┤│……│……│└────────────┴──────────┘

关于如何构建密码查询以检索给定路径的所有参与分子的介绍性教程到此结束。如有疑问或建议，请联系我们的此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。