介绍

在反应组中,使用自定义格式存储路径图。旨在允许研究人员将其最喜爱的途径图的图像包含在其出版物,海报或演示文稿中,我们开发了该图出口商。此工具可以轻松地以位图格式导出路径图,允许用户指定输出格式,质量和装饰器。该图表出口商已作为我们的一部分部署内容服务,这构成了一种提供对反垃圾知识库的访问权限。要了解有关内容服务的更多信息以及如何使用它,请看看在这里

本教程将带领您通过使用这个工具生成您最喜欢的路径图的图像的简单步骤。

开始

使用我们的API生成图的图像非常简单,只需使用图的标识符和所需的扩展名(例如“.png”、“.jpg”等)调用服务即可。

/ contentservice/exporter/diagram/r-hsa-169911.png

图1

这将在默认质量中导出图像。要在打印质量中获取图像,请使用质量争论。更高的质量值导致更高的图像质量。

/ contentservice/exporter/diagram/r-hsa-169911.png?quality=7.

图2

如果请求的路径有一个与之相关联的交互式插图(EHLD),图表导出器将把插图导出为图像。以下示例中,要求止血的EHLD格式为png。遵循这个链接如果您有兴趣了解有关我们的EHLD的更多信息。

/ contentservice/exporter/diagram/r-hsa-109582.png

图3.

如果您对特定的反应或实体感兴趣,只需编写它并且服务将在其包含路径中显示它。

/ contentservice/exporter/diagram/r-hsa-68919.png

r - hsa - 68919

修饰符

API允许用户通过选择它们或标记它们来轻松地突出显示图表元素(分子和反应)。例如,要选择反应,我们只需添加添加sel参数及其反应标识符,与以下示例完全相同。

/ contentservice/exporter/diagram/r-hsa-390522.png?sel=r-hsa-390598.

图4.

我们也可以用theFLG.标志图实体(基因,分子等)的参数

/ contentservice/exporter/diagram/r-hsa-428359.png?flg=q9nzi8.

图5.

选择和标记参数以与EHLD的方式完全相同的方式工作。

/ contentservice/exporter/diagram/r-hsa-109582.png?sel=r-hsa-983231&flg=thbd.

图6.

分析覆盖

Reactome提供了支持富集和表达分析的路径分析服务。图表导出器允许您将分析结果覆盖在导出的图表之上。要做到这一点,使用令牌指定使用执行分析进行统计的唯一令牌的参数。要了解有关我们的分析服务以及如何使用它来看看这一点

在下一个示例中,我们使用从超越分析中获取的令牌,以将结果覆盖在图的顶部并以高质量(7)JPEG格式导出。

/ contentservice/exporter/diagram/r-hsa-8937144.jpeg?quality=7&token=.

图7.

以同样的方式,我们可以在图中覆盖表达式分析的结果,并以我们更优选的格式和质量导出。如果提交的示例(对于此类分析)包含多个列,我们可以通过使用它来指定它柱子参数,就像在以下示例中一样。

请记住,如果未指定列(null),则默认选择第一个列。此外,如果未指定列并且请求格式为GIF,则生成具有所有列的动画图像。

/ contentservice/exporter/diagram/r-hsa-432047.jpg ?quality=7&column=1&token=.

图8.

分析结果也可以覆盖我们的互动插图。

/ contentservice/exporter/diagram/r-hsa-69278.png?token=.

图9.

动画GIF

运行Expression分析并希望使用每个分析列的帧导出动画GIF时,将扩展设置为GIF并未指定列:

/ ContentService /出口商/图表/ r - hsa - 432047. - gif ?质量= 7选取= r - - 879865令牌=

图10.

以同样的方式,您可以导出EHLD的动画GIF

/ ContentService /出口商/图表/ r - hsa - 69278. - gif ?质量= 7选取= r - hsa - 69242令牌=

图11.

彩色配置文件

反应为图和分析提供了几种颜色曲线。您可以使用drafeprofile.分析新品修改默认值的参数。

/ ContentService /出口商/图表/ r - hsa - 879415. png ?质量=7&sel=R-ALL-879865&diagramProfile=standard&analysisProfile=strosobar&token=

图12.

争论

fortone表呈现了支持的参数Alond的完整列表,其中包含默认值。

名称 描述 价值 默认

质量

图像的质量

1 - 10

5.

格式

图片格式

PNG,JPG,JPEG,GIF

PNG.

旗帜

要标记的元素列表

stid,dbid,标识符,genename

无效的

选择

要选择的元素列表

stid,dbid,标识符,genename

无效的

drafeprofile.

图的颜色轮廓

现代标准

现代的

分析新品

颜色剖面用于分析

标准,strosobar,铜加

标准

令牌

分析令牌

细绳

无效的

柱子

具体表达式分析结果列要叠加

如果未指定列(null),则选择第一个。

如果没有指定column (null)并且格式为gif,那么将生成一个包含所有列的gif动画。

整数

无效的