补体激活的两个内在特征使其调节非常重要:
1.这是一个内在的正反馈循环，因为C3激活的产物形成酶的一部分，导致更多的C3激活。
2.有持续的低水平的替代途径的激活(见自发水解C3硫酯)。

补体级联激活是由一个被称为补体激活调节蛋白(RCA)的相关蛋白家族调控的。这些在健康的宿主细胞上表达。大多数病原体在其表面不表达RCA蛋白，但许多病原体通过稳定结合在人血浆中循环的RCA找到了逃避补体系统的方法(Lambris et al. 2008);诱捕RCA是迄今为止最广泛使用的避免补体反应的策略。RCA招募在大肠杆菌和链球菌等细菌中很常见(Kraiczy & Wurzner 2006)，也被描述为病毒、真菌和寄生虫。RCA沉积和补体系统在组织稳态、清除死亡细胞和碎片以及防止氧化应激损伤方面也有重要作用(Weismann et al. 2011)。

RCA蛋白通过两种不同的方式控制补体激活;通过促进补体转化酶的不可逆分解(衰变加速)和作为补体因子I (CFI)介导的C3b和C4b的切割的辅助因子。
衰变加速因子(DAF, CD55)、补体因子H (FH)、膜辅因子蛋白(MCP)和补体受体1 (CR1)是由一系列串联球形结构域组成，称为CCPs(补体控制蛋白重复序列)或SCRs(短一致重复序列)。CR1、MCP和FH是cfi介导的C3b切割生成iC3b的辅助因子。CR1和MCP也是C4b切割的辅助因子。
C4BP是cfi介导的C4b切割的另一个辅助因子。