这一途径，即SARS- cov -2感染人类细胞(COVID-19)，最初是通过人工策划和回顾的Reactome SARS- cov -1(人类SARS冠状病毒)感染途径的电子推断产生的。该推理过程创建了与SARS-CoV-1途径中每个事件相对应的SARS-CoV-2事件，并基于SARS-CoV-1蛋白的同源性将这些事件填充到含SARS-CoV-2蛋白的物理实体中(//www.joaskin.com/documentation/inferred-events)。所有这些计算生成的事件和实体都经过了Reactome管理者的审查，并在最近公布的实验数据表明SARS-CoV-1和SARS-CoV-2感染途径的分子细节存在差异时进行了适当的修改。

SARS - CoV - 2感染始于病毒S(刺突)蛋白与细胞表面血管紧张素转换酶2 (ACE2)的结合和结合病毒粒子的内吞作用。在囊泡内，宿主蛋白酶介导S蛋白分裂成S1和S2片段，导致S2介导的病毒和宿主核内体膜融合，并将病毒衣壳释放到宿主细胞质中。剥去衣壳，释放病毒基因组RNA，其帽依赖翻译产生多蛋白pp1a，并通过1碱基移码产生多蛋白pp1ab。pp1a和pp1ab的自蛋白裂解产生15或16个具有不同功能的非结构蛋白(nsps)。重要的是，RNA依赖的RNA聚合酶(RdRP)活性编码在nsp12中。Nsp3、4和6诱导细胞内质网膜的重排，形成胞质双膜泡(DMVs)，病毒复制转录复合物在其中组装和固定。病毒复制酶-转录酶以病毒基因组RNA为模板，合成全长负意义反基因组，反基因组又作为新基因组RNA合成的模板。复制酶-转录酶还可以在基因组在转录调节序列上的不连续转录过程中切换模板，以产生一套套式的负意义亚基因组(sg) rna，这些rna被用作合成正意义sgrna的模板，这些sgrna被翻译成病毒蛋白。最后，病毒粒子聚集发生在ER高尔基中间室(ERGIC)。病毒M蛋白为病毒粒子形态发生提供支架(Hartenian et al. 2020; Fung & Liu 2019; Masters 2006).