蛋白质定位包括在特定位置建立和维持蛋白质的过程。将蛋白质靶向细胞中的特定位置的机制通常涉及靶向蛋白质中的基序，其与位于目的地的蛋白质相互作用（在Bauer等，2015中审查）。
在核中编码的线粒体蛋白可以靶向外膜，膜间空间，内膜或基质（在Kutik等，2007年审阅，Milenkovic等，2007，Bolender等，2008，Ender和Yamano 2009，Wiedemann和Pfanner 2017，康等。2018）。预孔或内靶向序列导致细胞溶溶胶中的蛋白质与外部线粒体膜中的Tomm70复合物相互作用。通过外膜通过外膜通过序列基序使蛋白质通过SMM50络合物靶向外膜，通过TIMM22或TIMM23络合物，通过TIMM23复合物到基质，或蛋白质可以折叠并留在内膜空间。
过氧血型基质中所含的所有蛋白质通过独特的机制从细胞溶溶胶导入，这些机制不需要进口的蛋白质在穿过膜时展开（Ma等人审查2011年，Fujiki等，2014，Francisco etal。2017）。在细胞溶溶胶，受体蛋白质，Pex5和Pex7中，与货物蛋白中的特定序列基序结合，然后与含有Pex13，Pex14，Pex2，Pex10和Pex12的蛋白质复合物相互作用。然后将货物蛋白通过膜中的蛋白质沟道，Pex5通过涉及泛素化和脱氮的机制再循环。
大多数过氧化体膜蛋白（PMP）通过受体 - 伴侣Pex19和对接受体Pex3插入过氧异式膜中（在Ma等，2011年审查，Fujiki等，2014）。PEX19将PMP结合，因为它在细胞溶胶中翻译。然后Pex19：PMP复合物然后与位于过氧异甲烷膜中的PEX3相互作用。通过尚未透明的机制，将PMP插入过氧异甲烷膜中，PEX19从PEX3中解离。