细胞刺激与病毒RNA双链引线两个IKK相关丝氨酸的激活/苏氨酸激酶，TBK1和IKK-I，其直接磷酸化IRF3和IRF7促进它们二聚化和易位至细胞核。虽然两个激酶都显示出结构性和功能相似之处，但似乎TBK1和IKK-I似乎对TLR3的下游信号传导事件的调节有所不同。

在TBK1缺陷的小鼠成纤维细胞中，IRF3激活和IFN-B通过Poly（I：C）产生，而在IKK-I缺陷的成纤维细胞中观察到正常活化。然而，在双缺乏小鼠成纤维细胞中，IRF3的激活被完全废除，表明TBK1和IKK-I的部分冗余功能（Hemmi等，2004）。

TLR3 recrecate和激活PI3激酶（PI3K），其激活下游激酶AKT，导致IRF-3的完全磷酸化和激活[Sarkar Sn等人2004]。当未募集到TLR3或其活性被抑制的PI3K或其活性时，IRF-3仅部分磷酸化并且不能结合靶基因的启动子。