许多质膜蛋白在细胞的内部运输通路中处于不断的流动状态。一些受体不断内化到循环核内体并返回到细胞表面。其他的被分类为形态独特的核内体的腔内小泡，称为多泡小体(MVBs)。这些MVBs与溶酶体融合，导致其货物被溶酶体酸性水解酶降解。
核内体在操作上可定义为早期或晚期，指的是内吞物质到达任一阶段所需的相对时间。超微结构研究表明，早期核内体主要为管泡状结构，构成细胞中主要的分选平台，而晚期核内体则具有典型MVBs的特征，能够与溶酶体融合。
将膜蛋白转入降解MVB途径的一个很好的特征信号是这些货物的泛素化。在支撑泛素介导的溶酶体分选的蛋白质和蛋白脂相互作用网络的中心是运输所需的内体分选复合物(ESCRTs)，它在所有主要真核生物分类中都是保守的。