RNA聚合酶II (Pol II)是蛋白质编码基因转录过程中催化DNA定向mRNA合成的核心酶。Pol II由一个10亚基催化核心和一个由两个亚基组成的复合物Rpb4/7组成，这是转录起始所必需的。
转录周期分为三个主要阶段:起始、延伸和终止。转录起始包括启动子DNA结合、DNA熔化和短RNA转录本的初始合成。从起始到延伸的过渡称为启动子逃逸，并导致一个稳定的延伸复合体，其特征是一个开放的DNA区域或转录泡。这个气泡包含了DNA-RNA杂交体，一种由8到9个碱基对组成的异质双工结构。RNA生长的3端与聚合酶复合体活性位点有关。最终，转录终止，Pol II从模板中解离。