协同转录前mrna剪接不是强制性的。Pre-mRNA剪接以共转录方式开始，通常以转录后方式继续。人类基因平均每个基因含有9个内含子，只有在内含子的5'和3'端都被合成后，这些内含子才能作为剪接底物。因此，pol II合成每个内含子所需的时间定义了剪接因子可在基因中被招募的最小时间和距离。pol II到达基因末端所花费的时间决定了剪接能以共转录方式发生的最大时间。因此，转录动力学可以影响剪接动力学。初级(新生)mRNA转录的任何共价变化都是mRNA加工。为了成功的基因表达，初级mRNA转录本需要在转化为多肽之前转化成成熟的mRNA。真核mrna经历一系列复杂的加工反应;在RNA聚合酶II的转录过程中，一旦一些核糖核苷酸被合成，就会在新生的转录本上开始，通过将成熟的mRNA输出到细胞质，并最终在细胞质中mRNA的翻转。