Cyclin E - Cdk2复合物控制G1期向s期的转变。在这种情况下，p21Cip1/Waf1或p27kip1的结合是抑制性的。Cyclin E - Cdk2复合物的重要底物包括参与DNA复制起始的蛋白质。这两个Cyclin E蛋白在E3泛素连接酶SCF的控制下，受到泛素依赖的蛋白水解。Cyclin A - Cdk2复合物也受p21Cip1/Waf1和p27kip1调控，可能对持续的DNA合成和进展到G2非常重要。Cdk2的另一个控制水平是由Wee1和Myt1激酶催化的苏氨酸-14 (T14)和酪氨酸-15 (Y15)的可逆磷酸化，以及由Cdc25A、B和C三种Cdc25磷酸酶去磷酸化。