在12S rRNA中检测到五个修饰的核苷酸:由NSUN4催化的5-methylcytidine-841，由TFB1M催化的6-dimethyladenosine-936，由TFB1M催化的6-dimethyladenosine-937, 5-methyluridine-429，和4-methylcytidine-839(综述于Van Haute et al. 2015)。在16S rRNA中检测到四种修饰的核苷酸:MRM1催化的2'-O-methylguanosine-1145, RNMTL1催化的2'-O-methylguanosine-1370 (MRM3)， FTSJ2催化的2'-O-methyluridine-1369 (MRM2)，以及pseudouridine-1397。2'-O-methyluridine-1369和2'-O-methylguanosone-1370出现在rRNA的A-loop中，位于大亚基肽基转移酶中心。在这里，修饰后的残基与tRNA的氨基酰基位点相互作用。TFB1M和NSUN4的敲除在小鼠中是致命的，TFB1M的突变可能与氨基糖苷诱导的耳聋有关(Van Haute et al. 2015)。