至少发现了92种不同的tRNA核苷酸碱基修饰。这些修饰是由位于细胞核、细胞质和线粒体中的一组不同的酶进行转录后修饰(Boschi-Muller and Motorin 2013, Jackman and Alfonzo 2013, Gu et al. 2014, Helm and Alfonzo 2014, Li and Mason 2014)。反密码子附近和3'端附近的修饰分别影响tRNA与核糖体和tRNA合成酶的相互作用,而tRNA其他区域的修饰则影响tRNA的折叠和稳定性(Hou et al. 2015)。tRNA修饰酶的突变与人类疾病相关(Sarin and Leidel 2014综述,Torres et al. 2014)。