Hox基因编码含有DNA结合的Homeobox基序的蛋白质和对胚胎中的细分的早期标有以及后来的开发事件（Rezsohazy等，2015年审查）。哺乳动物在4个线性簇中排列了39个Hox基因，每个簇含有9-11个基因。基于同源性，基因已分配给13个副寄生基团。HOX基因的命名法使用信函来指示群集和一个数字以指示帕拉戈曲目组。例如，Hoxa4是簇A中的基因，其与来自其他簇的副葡萄球菌4的基因最相似。
哺乳动物Hox基因功能最引人注目的方面之一是其在胚胎发生期间活化的机制：簇中的基因顺序与它们激活的时序和位置相关，使得簇的3'末端的基因首先被激活群体5'末端的基因持续激活。（5'和3'是指群体中基因的转录取向。）因为胚胎的段的发展从前后进行，这意味着3'基因表达的前界更为右侧（rostral）和表达5'基因的前边界更近似（尾部）。Hox基因的表达在大致E7.5的乳化开始时在后原始条纹中发起。随着腐蚀性进行，依次激活5'基因，它们也经历了相同的染色质变化和迁移。在形成胚胎的轴后，在显影在大约E9开始的显影肢体中发生类似的霍尔达和霍氏簇的波。类视黄醇，尤其是所有反式视黄酸（ATRA），参与通过类视黄醇受体启动该方法。其他因素如FGFS和WNT，也调节HOX表达。激活后，HOX基因参与保持自己的表达（自身均调节），激活后续5'霍尔基因，并抑制先前的3'Hox基因（十字形）。 Differentiation of embryonal carcinoma cells and embryonic stem cells in response to retinoic acid is used to model the process in vitro (reviewed in Gudas et al. 2013).
Hox基因的活化伴随着从二价染色质至Euchromatin的变化（在Soshnikova和Duboule 2009中审查）。二价染色质在组蛋白H3（H3K9ME3）上具有广泛的赖氨酸-9甲基化，一种抑制作用，在组蛋白H3（H3K4ME2，H3K4ME3）上，赖氨酸-4的甲基化散射的甲基化区域，一种活化标记。欧洲化学瘤化在簇的3'末端发起，并朝向5'末端进行，欧洲甘草蛋白迁移到核心的有源区（蒙特拉申和杜乌尔2013年审查）。染色质的这种变化反映了H3K27ME3的损失和H3K4ME2,3的增益。Polycomb压抑复合物结合H3K27ME3，负责维持抑制，KDM6A和KDM6B组蛋白去甲基酶除去H3K27ME3，以及组蛋白甲基酶（KMT2A，KMT2C，KMT2D）甲基化物H3K4的甲基化物系列。