水通道蛋白（AQP的）六个跨膜蛋白，在膜形成通道。每个单体含有由两个天冬酰胺 - 脯氨酸 - 丙氨酸的基序（NPA框），对于水和/或溶质选择性赋予形成在部分的中心通道。单体组装成四聚体。期间由水通道蛋白最水通道蛋白（即AQP0 / MIP，AQP1，AQP2，AQP3，水通道蛋白，AQP5，AQP7，AQP8，AQP9，AQP10）输送水流入和流出根据穿过膜的渗透梯度细胞的被动运输。四水通道蛋白（所述aquaglyceroporins AQP3，AQP7，AQP9，AQP10）行为甘油，三水通道蛋白（AQP7，AQP9，AQP10）行为尿素，和一个水通道蛋白（AQP6）行为阴离子，特别是硝酸盐。AQP8还进行除水氨。
AQP11和AQP12，归类为组III水通道蛋白，被鉴定为基因组测序计划的结果，并且通过相对于更传统的水通道蛋白时具有在第一NPA盒子变化的特征。此外，保守的半胱氨酸残基存在约9个氨基酸从第二NPA盒子下游和该半胱氨酸被认为是指示组III水通道蛋白。掺入脂质体纯净AQP11显示水运。缺乏AQP11基因敲除小鼠曾在肾近曲小管致命的囊肿形成。外源性表达AQP12表现出细胞内的定位。AQP12在胰腺腺泡细胞特异表达。
水通道蛋白在各种组织液和溶质运移重要。由水通道蛋白从脂肪细胞到肝脏甘油的运输过程中，通过水解甘油三酯的甘油产生由AQP7从脂肪细胞中导出，并经由AQP9导入到肝细胞。AQP1起着形成脑脊液和AQP1，AQP4，AQP9和似乎是维持大脑中的体液平衡的重要作用。AQP0，AQP1，AQP3，AQP4，AQP8，AQP9和AQP11在肝胆道的生理机能发挥作用。
在肾脏中，水和溶质通过肾小球中的肾脏形成的狭缝状结构通过血液流出并进入近端小管。水从滤液其在运输过程中通过近端小管，亨利氏环下降，远曲小管，并且集合管再吸收。近端小管中的Aquaporin-1（AQP1）和Henle的下降薄肢体负责约90％的重吸收（从AQP1的小鼠敲除估计）。AQP1位于上皮细胞的顶端和基底外侧表面上，从而将水通过上皮和回到血液中。在收集管道上皮细胞中，在其顶部表面和AQP3上的AQP2和AQP3上的基础外侧表面上的AQP2，以在上皮上运输水。通过通过激活由信号级联来调节上皮的渗透率来调节肾水稳态，通过激活导致AQP2的磷酸化及其从细胞内囊泡的易位到收集管道细胞的顶端膜的渗透率来调节肾水压蛋白。
在这里，三个观水通道蛋白介导的运输已被注释：运输的一般看法由水通道蛋白独立的组织类型（被动转运的水通道蛋白），特定的水通道蛋白的作用，在维护肾水平衡的观点的不同家族介导（加压素调节通过水通道蛋白肾水动态平衡），和特定的水通道蛋白在甘油运输中的作用从脂肪细胞到肝脏的（到肝脏由水通道蛋白甘油运输从脂肪细胞）的图。