在此注释的蛋白质代谢覆盖了蛋白质的整个生命周期，从其合成到其后期改性和降解，在各种特异性。通过将MRNA序列的翻译过程中的方法来完成蛋白质合成到多肽链中。通过识别和将蛋白质中的分子伴蛋白质的功能达到非天然状态的蛋白质折叠来实现蛋白质折叠，并通过稳定生产性折叠中间体的构象来促进它们的折叠（Young等人。2004）。在翻译之后，许多新形成的蛋白质经历翻译后蛋白质改性，基本上对其成熟的位置和功能至关重要的不可逆的共价修饰（Knorre等人，2009），包括γ羧化，GPI锚定蛋白的合成，天冬酰胺N-连接的糖基化，O-糖基化，Sumoylation，泛素化，脱氮，Rab甲基甲基化，甲基化，羧基肌肉后翻版修饰，Neddylation和磷酸化。肽激素作为较大前体蛋白的部分合成，其乳化系统（内质网，Golgi装置，分泌颗粒）的切割以肽激素代谢注释。分泌后，通过细胞外蛋白酶改性和降解肽激素（Cheltow，1981 pmid：6117463）。蛋白质修复能够对由反应性氧物质引起的一些氨基酸侧链的损伤逆转。肺表面活性剂是脂质和蛋白质，其被肺部的肺泡细胞分泌，其在肺泡内的空气/液体界面处减少表面张力以保持肺组织（Agassandian和Mallampalli 2013）的稳定性。表面活性剂代谢途径描述了表面活性剂的核调控，运输，代谢，再利用和降解。 Amyloid fiber formation, the accumulation of mostly extracellular deposits of fibrillar proteins, is associated with tissue damage observed in numerous diseases including late phase heart failure (cardiomyopathy) and neurodegenerative diseases such as Alzheimer's, Parkinson's, and Huntington's.