蛋白多糖是细胞外基质的主要成分。在软骨中，基质构成超过90％的组织干重。蛋白质聚糖是用糖胺聚糖（GAG）取代的蛋白质，由重复二糖组成的线性多糖，通常是乙酰化氨基糖交替的
用尿酸酸。大多数蛋白质聚糖位于细胞外
空间。蛋白质聚糖是高度多样的，无论是核心蛋白质和GAG链的亚型，即硫酸软骨素（CS），角蛋白硫酸盐（Ks），皮肤硫酸盐硫酸盐（DS）和硫酸乙酰肝素（HS）都是多样化的。透明质酸是一种非硫酸化的GAG，其分子量为数百万的道尔顿;在关节软骨中，单个透明质酸分子可容纳100至100个噬菌体分子，并且这些聚集体通过链路蛋白稳定。
