硒(Se)是人体正常功能所必需的微量元素。硒氨基酸是指硒被硫取代的氨基酸。硒和硫具有许多相同的化学性质，用硒氨基酸替代正常氨基酸对蛋白质的结构和功能影响不大。均为无机(亚硒酸盐，SeO3(2-);硒酸盐，SeO4(2-))和有机(硒半胱氨酸，Sec;硒和硒蛋氨酸(SeMet)形式的硒可以引入到饮食中，在那里它们转化成中间硒(Se(2-))，然后利用新创通过磷酸化的中间体以trna依赖的方式合成Sec。Sec形成的最后一步是由O-phosphoseryl-tRNA:selenocysteinyl-tRNA synthase (SEPSECS)催化，它将phosphoseryl-tRNA(Sec)转化为selenocysteinyl-tRNA(Sec)。

所有营养硒都直接或通过甲基硒醇(MeSeH)代谢成硒化物。硒半胱氨酸裂解酶(SCLY)将硒从硒蛋白中解放出来的硒转化为硒(2-)。从一般蛋白质和自由的SeMet源中释放出来的SeMet要么通过半胱硫氨酸-裂解酶(CTH)通过MeSeH转化为Se(2-)，然后去甲基化(SeMet转化为CH3SeH转化为H2Se)，要么通过SCLY转化为Sec (SeMet转化为Sec转化为H2Se)，然后通过trans-selenation途径(SeMet转化为Sec转化为H2Se)。MeSec被CTH水解为MeSeH。甲基硒酸(MeSeO2H)被还原为甲基硒醇。MeSeH被脱甲基为硒(2-)用于进一步的硒蛋白合成或氧化为亚硒酸盐(SeO3(2-))以硒糖的形式排泄。此外，MeSeH进一步甲基化为二甲基硒(Me2Se)和三甲基硒(Me3Se+)用于排泄。