出版物 - 反应型途径数据库

2020

Griss J，Viteri G，Sidiropoulos K，Nguyen V，Fabregat A，Hermjakob H. Reactomegsa - 有效的多OMICS比较途径分析。Mol细胞蛋白质组学。2020 SEP 9：MCP.TIR120.002155。DOI：10.1074 / mcp.tir120.002155。PubMed.．
张志强，张志强，张志强，等。利用Reactome建立自噬机制知识库。自噬．2020; 1-12。DOI：10.1080 / 15548627.2020.1761659。PubMed.．
Waagmeester A，Stupp G，Burgstaller-Muehlbacher S，Good Bm，Griffith M，Griffith Ol，Hanspers K，Hermjakob H，Hudson Ts，Hybiske K，Keating Sm，Manske M，Mayers M，Mietchen D，Mitraka E，Pico Ar，Putman T，Riutta A，Queralt-Rosinach N，Schriml LM，Shafee T，Slenter D，Stephan R，Thornton K，Tsueng G，Tu R，Ul-Hasan S，Willighgen E，Wu C，Su Ai。Wikidata作为生命科学的知识图表。Elife。2020 3月17日; 9。PII：E52614。DOI：10.7554 / Elife.52614。PubMed.．
Jassal B，Matthews L，Viteri G，Gong C，Lorente P，FabRegat A，Sidiropoulos K，Cook J，Gillespie M，Haw R，Loney F，May B，Milacic M，Rothfels K，Sevilla C，Shamovsky V，Shorser S，Varusai T，Weiser J，Wu G，Stein L，Hermjakob H，D'Eustachio P.反应途径知识库。核酸Res．PII：GKZ1031。DOI：10.1093 / NAR / GKZ1031。PubMed。
Naithani S, Gupta P, Preece J, D’eustachio P, Elser J, Kiff J, Dikeman D, Olson J, Wei S, Tello-Ruiz M, Cook J, Fabregat A, Cheng T, Bolton E, Muñoz-Pomer Fuentes A, Mohammed S, Papa-theodorou I, Stein L, Ware D, Jaiswal P. 2020。植物反应:一个知识库和资源的比较途径分析。核酸Res. gkz996, doi.org/10.1093/nar/gkz996。PubMed.．
Haw R，Loney F，Ong E，He Y，Wu G.使用ReactomeFiviz进行途径浓缩分析。方法杂志．2020; 2074:165 - 179。doi: 10.1007 / 978 - 1 - 4939 - 9873 - 9 - _13。PubMed.．

2019

王志强，王志强，王志强，等。药物靶标相互作用的可视化研究进展。F1000Res．2019年6月20日。PubMed。
Viteri G, Matthews L, Varusai T, Gillespie M, Milacic M, Cook J, Weiser J, Shorser S, Sidiropoulos K, Fabregat A, Haw R, Wu G, Stein L, D’eustachio P, Hermjakob H. Reactome and orci -社区管理的详细信用归因。数据库(牛津大学)。2019年1月1。PubMed.．

2018

Jupe S，Ray K，Roca CD，Varusai T，Shamovsky V，Stein L，D'Eustachio P，Hermjakob H. Interleukins及其在反应生物途径数据库中的信号通路。J过敏临床免疫杂志．4月14日。PubMed.．
Fabregat A，Sidiropoulos K，Viteri G，Marin-Garcia P，Ping P，Stein L，D'Eustachio P，Hermjakob H.反应图表查看器：提高性能的数据结构和策略。生物信息学。4月1日。PubMed。
FabRegat A，Korninger F，Viteri G，Sidiropoulos K，Marin-Garcia P，Ping P，Wug，Stein L，D'Eustachio P，Hermjakob H.反应图数据库：高效访问复杂路径数据。PLOS计算BIOL。1月29日。PubMed。
Fabregat,上衣,马修斯L, Sidiropoulos K, Gillespie M, Garapati P,山楂R, Jassal B, F Korninger, B, Milacic M,女仆Roca C, Rothfels K,塞维利亚C, Shamovsky V,肖尔斯,Varusai T, Viteri G, Weiser J,吴G,斯坦L, Hermjakob H D 'Eustachio P Reactome通路知识库。核酸的研究。1月4日。PubMed。

2017

Sidiropoulos K, Viteri G, Sevilla C, Jupe S, Webber M, Orlic-Milacic M, Jassal B, May B, Shamovsky V, Duenas C, Rothfels K, Matthews L, Song H, Stein L, Haw R, D’Eustachio P, Ping P, Hermjakob H, Fabregat A. Reactome enhanced pathway visualization.牛津生物信息学。7月6日。PubMed.．
Fabregat A，Sidiropoulos K，Viteri G，Forner O，Marin-Garcia P，Arnau V，D'Eustachio P，Stein L，Hermjakob H.反应途径分析：高性能的内存方法。BMC生物信息学。3月2日。PubMed.．
关键词:疾病发现，功能交互，网络构建，功能分析方法Mol Biol。PubMed.．

2016

Hill DP, D’eustachio P, Berardini TZ, Mungall CJ, Renedo N, Blake JA。基因本体论中的生化途径建模。数据库(牛津)．2016年9月1日。PubMed.．
Bohler a，wu g，kutmon m，pradhana la，coord sl，汉斯普斯k，haw r，pico ar，Evelo CT。从Wikipathways的角度反弹。PLOS计算BIOL。可能。PubMed.．
Fabregat A, Sidiropoulos K, Garapati P, Gillespie M, Hausmann K, Haw R, Jassal B, Jupe S, Korninger F, McKay S, Matthews L, May B, Milacic M, Rothfels K, Shamovsky V, Webber M, Weiser J, Williams M, Wu G, Stein L, Hermjakob H, D’eustachio P. Reactome路径知识库。核酸Res．12月9日。PubMed.．

2015

McKay SJ, Weiser J.安装Reactome网站和知识库的本地副本。咕咕叫Protoc生物信息学．50：9.10.1-9.10.10。PubMed.．
利用reactome分析表达数据。Curr Protoc生物信息学．第八章Unit8.20。PubMed.．
Porras P, Duesbury M, Fabregat A, Ueffing M, Orchard S, Gloeckner CJ，和Hermjakob h . LRRK2相互作用组的视觉综述:使用深度筛选的分子相互作用数据来代表生物学。蛋白质组学。PubMed.．

2014

吴G，道森e，duong a，haw r和stein l.reacontomefiviz：用于路径和基于网络的数据分析的反应机构fi cytoscape应用程序.3：146F1000Research．PubMed.．
Jupe S，Jassal B，Williams M，以及Wu G.途径实体和事件的受控词汇。数据库(牛津)君。PubMed.．
Backman S, Kollara A, Haw R, Stein L, Brown TJ。糖皮质激素诱导逆转人输卵管细胞中白细胞介素-1β刺激的炎症基因表达。《公共科学图书馆•综合》9(5)。PubMed.．

2013

Croft D, Fabregat Mundo A, Haw R, Milacic, M, Weiser J, Wu G, Caudy M,Garapati P, Gillespie M, Kamdar MR,Jassal B, Jupe S, Matthews L, May B, Palatnik S, Rothfels K, Shamovsky V, Song H, Williams M, Birney E, Hermjakob H, Stein L and D’eustachio P. Reactome路径知识库。核酸RES。PubMed.
摩纳哥可,斯坦J Naithani年代,魏年代,Dharmawardhana P, Kumari年代,编写V, Youens-Clark K。托马森J,泼里斯J,帕斯捷尔纳克,奥尔森,焦Y, Z,赤身裸体D, Kerhornou,染色剂D,沃尔特·B,吴G、D 'Eustachio P,山楂R,克罗夫特D,凯西PJ斯坦L,贾斯瓦尔P,器皿D Gramene 2013:比较植物基因资源。核酸Res．PubMed.用反应路径作为模板建立模型。方法杂志．1021：273-83。PubMed.
D'Eustachio，P.途径数据库：制定基因组数据泛滥的化学和生物学意义。Chem Biol.．20(5): 629 - 35。PubMed.

2012年

Milacic M, Haw R, Rothfels K, Wu G, Croft D, Hermjakob H, D’eustachio P和Stein L.注释癌症变异和抗癌治疗在Reactome。癌症。4(4), 1180 - 1211。PubMed。
Wu G和Stein L.一种基于网络模块的鉴定癌症预后签名的方法。基因组医学杂志．13（12）：R112。PubMed.
Haw R和Stein L.使用react数据库。Curr Protoc生物信息学．第八章:8.7单位。PubMed.

2011年

Gieger C, Radhakrishnan A, Cvejic A, Tang W, Porcu E, Pistis G, Serbanovic-Canic J, Elling U,Goodall AH，...........新基因在巨核形成和血小板形成中的作用。自然．480(7376): 201 - 8。PubMed.
Ndegwa n，Côtérg，ovelleiro d，d'eustachio p，hermjakob h，vizcaínoja，克罗夫·d.蛋白质中的临界氨基酸残基：具有骄傲质谱数据和宇宙细胞突变的反应蛋白注释的生物粉末集成。数据库(牛津)．Bar047。PubMed.
Haw Ra，Croft D，Yung CK，Ndegwa N，D'Eustachio P，Hermjakob H，Stein LD。反应生物图特。数据库(牛津)．Bar047。PubMed.
Bult CJ, Drabkin HJ, Evsikov A, Natale D, Arighi C, Roberts N, Ruttenberg A, D’eustachio P, Smith B, Blake JA, Wu C。蛋白质本体中蛋白质复合物的表示（Pro）．BMC生物信息学。12：371。PubMed.
Reactome通路分析可丰富蛋白质组学数据集中的生物学发现。蛋白质组学．11（18）：3598-613。PubMed.
Sawey ET, Chanrion M, Cai C, Wu G, Zhang J, Zender L, Zhao A, Busuttil RW, Yee H, Stein L, French DM, Finn RS, Lowe SW, and Powers S.通过肿瘤基因组筛查确定靶向FGF19扩增的肝癌治疗策略。癌细胞。19（3）：347-58。PubMed.
Jassal B.用Reactome注释和分析途径:膜转运蛋白的溶质载体类。人类基因组学．5（4）：310-5。PubMed.
D'Eustachio P.人类生物途径和过程的反应性知识库。方法Mol Biol。694:49 - 61。PubMed.
Gillespie M，Shamovsky v，D'Eustachio P.人和鸡TLR路径：手动策良和基于计算机的原子学分析。哺乳动物基因组。22(1 - 2): 130 - 8。PubMed.
Croft D, O’Kelly G, Wu G, Haw R, Gillespie M, Matthews L, Caudy M, Garapati P, Gopinath G, Jassal B, Jupe S, Kalatskaya I, Mahajan S, May B, Ndegwa N, Schmidt E, Shamovsky V, Yung C, Birney E, Hermjakob H, D’Eustachio P, Stein L. Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes.核酸资源(数据库版)。D691-7。PubMed.
Dall’olio GM, Jassal B, Montanucci L, Gagneux P, Bertranpetit J, Laayouni H.在Reactome数据库中对天冬酰胺n -连接糖基化途径的注释。糖生物学．21日(11):1395 - 400。PubMed.

2010年

Voight BF, Scott LJ, Steinthorsdottir V, Morris AP, Dina C, Welch RP, Zeggini E, Huth C, Aulchenko YS, Thorleifsson G, McCulloch LJ, Ferreira T, Grallert H, Amin N, Wu G， .......通过大规模关联分析确定的12个2型糖尿病易感性位点。NAT Genet。42(7): 579 - 89。PubMed.
Jassal B, Jupe S, Caudy M, Birney E, Stein L, Hermjakob H, D’eustachio P.在Reactome中三个主要GPCR家族的系统注释。数据库(牛津).baq018。PubMed.
spider:通过结合来自Reactome和KEGG数据库的信号和代谢途径，对基因列表进行基于网络的分析。核酸资源(Web服务器发行)38: w78 - 83。PubMed.
吴国锋，冯雪峰，李志强。一种基于功能蛋白相互作用网络的肿瘤数据分析方法。基因组Biol。11（5）：R53。PubMed.

2009年

Matthews L, Gopinath G, Gillespie M, Caudy M, Croft D, de Bono B, Garapati P, Hemish J, Hermjakob H, Jassal B, Kanapin A, Lewis S, Mahajan S, May B, Schmidt E, Vastrik I, Wu G, Birney E, Stein L, D’eustachio P. Reactome知识库的人类生物学途径和过程。核酸RES。37：D619-22。PubMed.

2007年

Vastrik I, D’Eustachio P, Schmidt E, Gopinath G, Croft D, de Bono B, Gillespie M, Jassal B, Lewis S, Matthews L, Wu G, Birney E, Stein L.Reactome: a knowledge base of biologic pathways and processes.基因组医学杂志．8: R39。PubMed.
Matthews L, D 'Eustachio P, Gillespie M, Croft D, de Bono B, Gopinath G, Jassal B, Lewis S, Schmidt E, Vastrik I, Wu G, Birney E, Stein L.人类生物学途径和过程的反应知识库简介。生物信息学引物，NCI/自然途径相互作用数据库。doi: 10.1038 / pid.2007.3。

2005年

Joshi-Tope G, Gillespie M, Vastrik I, D’eustachio P, Schmidt E, de Bono B, Jassal B, Gopinath GR, Wu GR, Matthews L, Lewis S, Birney E, Stein L. Reactome:生物通路知识库。核酸RES。1: D428-32。PubMed.

2004年

使用Reactome数据库。咕咕叫Protoc生物信息学。第八章:8.7单位。PubMed.

2003年

Joshi-Tope G, Vastrik I, Gopinath GR, Matthews L, Schmidt E, Gillespie M, D’eustachio P, Jassal B, Lewis S, Wu G, Birney E, Stein L.基因组知识库:生物学家和生物信息学家的资源。冷泉Harb Symp量子Biol。68：237-43。PubMed.