10 k Reactome

Reactome团队很高兴地宣布,他们在2016年10月实现了一个重大里程碑,注释并发布了第10000个人类蛋白。Reactome (www.www.joaskin.com)是一个开放获取的策划知识库,它将人类基因、蛋白质和其他生物分子与它们参与的生物途径和过程联系起来。它是生物医学研究社区的关键资源,并被世界各地的研究人员广泛使用来解释遗传学、基因组学和蛋白质组学的高通量实验。考虑到人类基因组总共包含大约2万个蛋白质编码基因,第1万个蛋白质的注释意味着Reactome现在涵盖了基因组蛋白质编码部分的一半。这使得Reactome成为科学界可获得的最全面的开放获取途径知识库。

通过将基因和蛋白质与正常和异常的生物途径联系起来,Reactome允许研究人员在大数据集中识别模式。例如,研究人员可以使用Reactome来减少一项实验,该实验确定了数千个在疾病中活动发生改变的基因,并将这些改变扰乱的关键生物途径减少到可控数量。然后,研究人员可以将Reactome与其他数据库结合,以发现可能逆转路径改变的药物和蛋白质靶点,或者设计出在早期诊断疾病的方法。通过其网站、在线工具和专门的可视化和分析应用程序,Reactome已被纳入400多个第三方基因组分析工具,并在科学文献中被引用超过4000次。

Reactome自2004年以来一直持续运营,是加拿大安大略省癌症研究所、美国纽约大学医学院和英国欧洲生物信息学研究所之间的国际合作项目。它由专业的生物管理员、生物信息学家和计算机科学家组成。它的大部分内容是由社区作者和同行评审人员提供的,他们在管理人员的帮助下。Reactome内容,包括路径数据和软件基础设施,在知识共享开放访问许可下,对所有人都是免费的。Reactome得到了美国国立卫生研究院、安大略研究基金会、多伦多大学、OpenTargets、Genome Canada和欧洲分子生物学实验室的资助。

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