在很大的进化距离中，生物过程是非常好的保存。在实践层面上，这一事实使从一个物种到另一个物种的机械洞察力得以外推。Reactome项目旨在基于人体系统的实验数据，注释广泛的人类生物过程的分子细节。为了在分子水平上将这些人类注释与模型生物系统中的保守对应物联系起来，我们使用蛋白质序列同源关系来询问，对于每个人类反应和每个模型生物，参与反应的人类蛋白质是否在模型生物中具有同源性。如果存在直方图，我们通过计算推断出模型生物对应的反应，从而建立了该生物的预测路径知识库。如果人类蛋白质作为一个复合物的一部分发挥作用，我们搜索复合物所有成分的同源性，如果在模型生物体中找到至少75%的人类蛋白质的对应物，我们就计算出该复合物在模型生物体中存在。

随着我们2019年3月(68版)的发布，我们做了两个更改，以提高这些推断路径的质量和可用性。

首先，随着Plant Reactome的发展，从植物实验证据注释的大量水稻(Oryza sativa)途径现在可以在网上找到。该材料改进了基于人类数据的基于正交的推断，并为对其他植物物种进行此类推断提供了一个更好的起点，因此，所有植物物种的推断现在将被生成、维护和提供植物Reactome．

第二，我们现在使用豹resource (Protein Analysis Through Evolutionary Relationships)用于识别Reactome中注释的人类蛋白的模式生物同源性。这一变化将使我们能够利用PANTHER的特征，如识别模式生物蛋白家族中最小分歧的直系基因，以提高我们推论的特异性。这一变化也是一个更大项目的一部分，该项目旨在更好地使Reactome与基因本体论、PANTHER、基因组资源联盟和相关资源保持一致，以生成交互式、专家策划、积极维护和紧密整合的社区基因组资源。