BioPAX途径由Reactome数据库中的“即时早期(IE)基因表达”转化而来。 即早(IE)基因表达 即早(IE)基因表达 一旦HCMV基因组被传递到细胞核，IE基因就会随之表达。RNA pol II转录机制可以转录IE以及从HCMV基因组中生成的所有其他蛋白质编码和非编码RNA。病毒基因表达的调控主要通过两种策略进行:(1)通过直接结合启动子/增强子元件(转录因子)或通过与其他蛋白质(适配器)的相互作用直接影响转录机制的病毒和细胞因子(2)通过调节组蛋白乙酰转移酶(HATs)的相反活性改变染色质重塑的病毒因子(hat)与去甲基化酶、组蛋白去乙酰化酶(HDACs)和甲基化酶共同作用。特别是，hdac依赖的病毒IE基因表达抑制，是一种细胞固有的宿主防御机制，必须在后续的生产性复制之前解除。表观遗传调节在允许细胞中是重要的，即使病毒基因组不具有可识别的染色质结构，也在潜伏期，病毒基因组具有有组织的染色质排列和病毒HDAC抑制剂可以驱动重新激活。 评论:Caposio, Patrizia, Streblow, Daniel N, 2019-10-18 Reactome DB_ID: 9614809 1 核浆 去 0005654 转录活性HCMV基因组[核质] 转录活性HCMV基因组 Reactome DB_ID: 4663858 1 乙酰化核心组蛋白八聚体 乙酰化核心组蛋白八聚体 Reactome DB_ID: 4663823 1 乙酰化组蛋白H3:H4四聚体[核质] 乙酰化组蛋白H3:H4四聚体 从Reactome中的EntitySet转换而来 Reactome DB_ID: 4657033 2 AcK(5、15、19、24)组蛋白H3(核浆) 从Reactome中的EntitySet转换而来。每个同义词是一个PhysicalEntity的名称，每个XREF指向一个PhysicalEntity Reactome //www.joaskin.com 从Reactome中的EntitySet转换而来 Reactome DB_ID: 4551305 2 AcK-HIST1H4(核浆) 从Reactome中的EntitySet转换而来。每个同义词是一个PhysicalEntity的名称，每个XREF指向一个PhysicalEntity 智人 NCBI分类法 9606 Reactome数据库ID Release 77 4663823 数据库标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=4663823 Reactome r - hsa - 4663823 1 Reactome稳定的标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser_st_id?ST_ID=R-HSA-4663823.1 Reactome DB_ID: 4663826 2 乙酰化组蛋白H2A:H2B[核质] 乙酰化组蛋白H2A: H2B 从Reactome中的EntitySet转换而来 Reactome DB_ID: 4657024 1 AcK-histone H2A(核浆) 从Reactome中的EntitySet转换而来。每个同义词是一个PhysicalEntity的名称，每个XREF指向一个PhysicalEntity 从Reactome中的EntitySet转换而来 Reactome DB_ID: 4657026 1 AcK(6,13,16,21)-组蛋白H2B[核质] 从Reactome中的EntitySet转换而来。每个同义词是一个PhysicalEntity的名称，每个XREF指向一个PhysicalEntity Reactome数据库ID Release 77 4663826 数据库标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=4663826 Reactome r - hsa - 4663826 1 Reactome稳定的标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser_st_id?ST_ID=R-HSA-4663826.1 Reactome数据库ID Release 77 4663858 数据库标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=4663858 Reactome r - hsa - 4663858 1 Reactome稳定的标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser_st_id?ST_ID=R-HSA-4663858.1 Reactome DB_ID: 9614372 1 EMBL:AY446894 Hh5株Merlin全基因组 梅林人疱疹病毒5株，全基因组。 Hh5菌株Merlin完全基因组 最初命名为菌株742;在人成纤维细胞传代3次;UL128基因突变;RL13突变体群体占主导地位，但该基因的一致序列未发生突变;缩略词:HHV-5;HCMV 人类巨细胞病毒 NCBI分类法 10359 EMBL的 AY446894 Reactome数据库ID Release 77 9614809 数据库标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=9614809 Reactome r - hsa - 9614809 1 Reactome稳定的标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser_st_id?ST_ID=R-HSA-9614809.1 Reactome DB_ID: 9621065 1 胞质 去 0005829 UniProt: Q6SVX2 TRS1 TRS1 TRS1 功能:抑制被感染细胞中抗病毒状态的建立。通过与EIF2AK2/PKR直接相互作用，阻止宿主真核翻译起始因子eIF-2alpha/EIF2S1的磷酸化，从而阻止病毒和细胞蛋白合成。还通过与宿主Beclin-1/BECN1相互作用抑制宿主自噬(相似)。亚基与宿主EIF2AK2/PKR相互作用这种相互作用将EIF2AK2保留在宿主细胞核内并阻止其激活。(通过n端)与宿主BECN1相互作用;这种相互作用抑制宿主的自噬。与病毒DNA聚合酶附属亚基UL44相互作用。与宿主HSPA5交互(通过相似性)。属于疱疹病毒科US22科。 UniProt Q6SVX2 链坐标 1 平等的 788 平等的 Reactome DB_ID: 9605812 1 UniProt: Q6SW94 UL37 UL37 UL37 功能亚型via在线粒体外膜隔离促凋亡BAX，阻止细胞色素c的释放和随后的促凋亡级联的启动。也引起宿主内质网钙外流和f -肌动蛋白细胞骨架破坏。参与宿主线粒体生物发生的增加，有效利用新合成的线粒体促进病毒复制(相似性)。功能亚型gpUL37可能在逃离宿主抗病毒反应中发挥作用。亚单位亚型via与宿主BAX相互作用。亚型via与宿主RSAD2/viperin相互作用;这种相互作用导致RSAD2/viperin从内质网重新定位到线粒体，肌动蛋白细胞骨架破坏和感染增强(通过相似性)。相似性属于直接早期糖蛋白家族。 UniProt Q6SW94 23 平等的 488 平等的 Reactome DB_ID: 9605860 1 UniProt: F5HCM1 UL123 UL123 UL123 功能在病毒早期基因的转激活和自身启动子的激活中起着重要作用。靶向并破坏宿主PML/核结构域10 (ND10)。通过与宿主SP100相互作用并引导其降解，促进病毒高效生长，导致组蛋白乙酰化水平提高。此外，还具有抵消宿主先天抗病毒反应的功能。通过与宿主STAT2直接相互作用和隔离来抑制I型干扰素途径。改变宿主细胞周期进程，可能通过与宿主E2F1或RB1的相互作用，克服RB1介导的对e2f应答启动子的抑制(通过相似性)。亚单位与人p53/TP53相互作用;这种相互作用抑制p53/ tp53依赖的反式激活活性。与主机STAT2交互。与宿主DAXX、PML和SP100交互。与宿主E2F1和RB1相互作用(通过相似性)。DOMAIN The C-terminal 16-amino acid is termed the chromosome-tethering domain (CTD) and is required for proper IE1 activity and for association with host IE1, PML and STAT2.PTM Sumoylated. Sumoylation abolishes the interaction with host STAT2 and thus the IE1-mediated repression of interferon-stimulated genes (By similarity).SIMILARITY Belongs to the HHV-5 IE1 protein family. UniProt F5HCM1 1 平等的 491 平等的 Reactome DB_ID: 9621064 1 UniProt: Q6SW04 IRS1 IRS1 IRS1 功能与IE2一起作为转位激活子，在使用天然启动子的瞬时转染复制试验中需要orilitt依赖的DNA复制。亚基(通过n端)与病毒DNA聚合酶附属亚基UL44相互作用。(通过c端)与宿主EIF2AK2相互作用。属于疱疹病毒科US22科。 UniProt Q6SW04 1 平等的 847 平等的 Reactome DB_ID: 9605772 1 UniProt: F5HEU0卖价 卖价 卖价 在病毒感染的早期，内质网中MHC I类异源二聚体保留，但不降解，从而损害它们的运输和成熟。与β -2微球蛋白相关的I类重链形成复合物，在ER中积累。因此，被感染的细胞被细胞毒t淋巴细胞掩盖以供免疫识别。亚基单体。在病毒感染的早期表达，在早期晚期表达水平降低。信号序列未被拆分。天车N-glycosylated;大多以高甘露糖的形式存在。属于巨细胞病毒US2家族。 UniProt F5HEU0 21 平等的 186 平等的 Reactome DB_ID: 9621063 1 UniProt: F5HAY6 UL36 UL36 UL36 功能通过与前caspase-8/CASP8的前结构域相互作用，阻止其激活，从而起到抑制凋亡的作用。亚单位与宿主caspase-8/CASP8相互作用这种相互作用抑制CASP8的激活。属于疱疹病毒科US22科。 UniProt F5HAY6 1 平等的 476 平等的 Reactome数据库ID Release 77 9621073 数据库标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=9621073 Reactome r - hsa - 9621073 1 Reactome稳定的标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser_st_id?ST_ID=R-HSA-9621073.1 1451105630 国际标准图书编号 2013 第62章巨细胞病毒 Mocarski,爱德华年代 申克,托马斯 格里菲思,保罗D。 通过,罗伯特F。 字段病毒学(书) 去 0019083 生物过程 激活 Reactome数据库ID Release 77 9621070 数据库标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=9621070 Reactome DB_ID: 9621071 UniProt: Q6SW29 UL122 UL122 UL122 功能:刺激病毒早期和晚期基因表达，在生产性感染的调控中起关键作用。此外，激活静止的细胞重新进入细胞周期，并上调几个e2f应答基因，这些基因负责推动细胞进入S期。在s期，抑制细胞DNA合成和进一步的细胞周期进展(相似)。亚基以sim依赖的方式与宿主sumo修饰的tata结合蛋白(TBP)相关因子12/TAF12相互作用;这种交互增加了IE2的交互激活活动。与宿主CHAF1A交互。与宿主转录机制的几个组成部分相互作用，包括TBP、TF2B和CREB1。与宿主DNA复制许可因子MCM3相互作用(通过相似性)。有效的反式激活功能需要sumo - interaction motif (SIM)。天车Sumoylated。sumo化对病毒的有效复制是必要的，因此对病毒转录因子的功能(通过相似性)。属于HHV-5 IE2蛋白家族。 UniProt Q6SW29 1 平等的 580 平等的 激活 Reactome数据库ID Release 77 9621066 数据库标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=9621066 Reactome DB_ID: 9621068 1 平等的 491 平等的 激活 Reactome数据库ID Release 77 9621069 数据库标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=9621069 Reactome DB_ID: 52777 UniProt: P16220 CREB1 CREB1 CREB1 磷酸化依赖的转录因子，与DNA cAMP反应元件(CRE)结合后刺激转录，CRE是存在于许多病毒和细胞启动子中的序列。转录激活被TORC共激活因子增强，它独立于Ser-119磷酸化。参与不同的细胞过程，包括昼夜节律的同步和脂肪细胞的分化。亚单位与PPRC1相互作用。以二聚体的形式结合DNA。这个二聚体由镁离子稳定。通过bZIP域与TORC1/CRTC1, TORC2/CRTC2和TORC3/CRTC3共激活因子相互作用。当Ser-119磷酸化时，结合CREBBP(通过相似性)。与CREBL2交互;调节CREB1磷酸化、稳定性和转录活性(通过相似性)。与TOX3相互作用(磷酸化形式)。 Interacts with ARRB1. Binds to HIPK2. Interacts with SGK1. Interacts with TSSK4; this interaction facilitates phosphorylation on Ser-119 (PubMed:15964553). Forms a complex with KMT2A and CREBBP (PubMed:23651431).SUBUNIT (Microbial infection) Interacts with hepatitis B virus/HBV protein X.SUBUNIT (Microbial infection) Interacts with HTLV-1 protein Tax.PTM Stimulated by phosphorylation. Phosphorylation of both Ser-119 and Ser-128 in the SCN regulates the activity of CREB and participates in circadian rhythm generation. Phosphorylation of Ser-119 allows CREBBP binding. In liver, phosphorylation is induced by fasting or glucagon in a circadian fashion (By similarity). CREBL2 positively regulates phosphorylation at Ser-119 thereby stimulating CREB1 transcriptional activity (By similarity). Phosphorylated upon calcium influx by CaMK4 and CaMK2 on Ser-119. CaMK4 is much more potent than CaMK2 in activating CREB. Phosphorylated by CaMK2 on Ser-128. Phosphorylation of Ser-128 blocks CREB-mediated transcription even when Ser-119 is phosphorylated. Phosphorylated by CaMK1 (By similarity). Phosphorylation of Ser-257 by HIPK2 in response to genotoxic stress promotes CREB1 activity, facilitating the recruitment of the coactivator CBP. Phosphorylated at Ser-119 by RPS6KA3, RPS6KA4 and RPS6KA5 in response to mitogenic or stress stimuli. Phosphorylated by TSSK4 on Ser-119 (PubMed:15964553).PTM Sumoylated with SUMO1. Sumoylation on Lys-290, but not on Lys-271, is required for nuclear localization of this protein. Sumoylation is enhanced under hypoxia, promoting nuclear localization and stabilization.DISEASE A CREB1 mutation has been found in a patient with multiple congenital anomalies consisting of agenesis of the corpus callosum, cerebellar hypoplasia, severe neonatal respiratory distress refractory to surfactant, thymus hypoplasia, and thyroid follicular hypoplasia.SIMILARITY Belongs to the bZIP family. UniProt P16220 1 平等的 341 平等的 激活 Reactome数据库ID Release 77 9621067 数据库标识符。使用此URL连接到Reactome中的此实例的网页://www.joaskin.com/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=9621067 Reactome DB_ID: 177655 UniProt: P19838 NFKB1 NFKB1 NFKB1 NF-kappa-B是一种多效转录因子，几乎存在于所有细胞类型中，是一系列信号转导事件的终点，这些信号转导事件由与许多生物过程相关的大量刺激启动，如炎症、免疫、分化、细胞生长、肿瘤发生和凋亡。NF-kappa-B是一个由RELA/p65, RELB, NFKB1/p105, NFKB1/p50, REL和NFKB2/p52组成的同源或异源二聚体复合物，其中p65-p50的异源二聚体复合物最为丰富。二聚体结合在其目标基因的DNA中的kappa-B位点，单个二聚体对不同的kappa-B位点有不同的偏好，它们可以以不同的亲和力和特异性结合。不同的二聚体组合分别作为转录激活子或抑制子。NF-kappa-B受多种翻译后修饰和亚细胞区隔化机制以及与其他辅助因子或辅助抑制因子的相互作用控制。NF-kappa-B复合物与NF-kappa-B抑制剂(I-kappa-B)家族的成员复合物在细胞质中处于非活性状态。在传统的激活途径中，I-kappa-B在不同激活物的作用下被I-kappa-B激酶(IKKs)磷酸化，随后降解从而释放出活跃的NF-kappa-B复合物并易位到细胞核。NF-kappa-B异二聚体p65-p50和RelB-p50复合物是转录激活物。NF-kappa-B p50-p50同源二聚体是一种转录抑制因子，但与BCL3相关时可作为转录激活因子。NFKB1似乎具有双重功能，如通过p105保留附着的NF-kappa-B蛋白，并通过共翻译加工生成p50。 The proteasome-mediated process ensures the production of both p50 and p105 and preserves their independent function, although processing of NFKB1/p105 also appears to occur post-translationally. p50 binds to the kappa-B consensus sequence 5'-GGRNNYYCC-3', located in the enhancer region of genes involved in immune response and acute phase reactions. In a complex with MAP3K8, NFKB1/p105 represses MAP3K8-induced MAPK signaling; active MAP3K8 is released by proteasome-dependent degradation of NFKB1/p105.SUBUNIT Component of the NF-kappa-B p65-p50 complex. Component of the NF-kappa-B p65-p50 complex. Homodimer; component of the NF-kappa-B p50-p50 complex. Component of the NF-kappa-B p105-p50 complex. Component of the NF-kappa-B p50-c-Rel complex. Component of a complex consisting of the NF-kappa-B p50-p50 homodimer and BCL3. Also interacts with MAP3K8. NF-kappa-B p50 subunit interacts with NCOA3 coactivator, which may coactivate NF-kappa-B dependent expression via its histone acetyltransferase activity. Interacts with DSIPI; this interaction prevents nuclear translocation and DNA-binding. Interacts with SPAG9 and UNC5CL. NFKB1/p105 interacts with CFLAR; the interaction inhibits p105 processing into p50. NFKB1/p105 forms a ternary complex with MAP3K8 and TNIP2. Interacts with GSK3B; the interaction prevents processing of p105 to p50. NFKB1/p50 interacts with NFKBIE. NFKB1/p50 interacts with NFKBIZ. Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit interacts with NFKBID (By similarity). Directly interacts with MEN1. Interacts with HIF1AN.INDUCTION By phorbol ester and TNF.DOMAIN The C-terminus of p105 might be involved in cytoplasmic retention, inhibition of DNA-binding, and transcription activation.DOMAIN Glycine-rich region (GRR) appears to be a critical element in the generation of p50.PTM While translation occurs, the particular unfolded structure after the GRR repeat promotes the generation of p50 making it an acceptable substrate for the proteasome. This process is known as cotranslational processing. The processed form is active and the unprocessed form acts as an inhibitor (I kappa B-like), being able to form cytosolic complexes with NF-kappa B, trapping it in the cytoplasm. Complete folding of the region downstream of the GRR repeat precludes processing.PTM Phosphorylation at 'Ser-903' and 'Ser-907' primes p105 for proteolytic processing in response to TNF-alpha stimulation. Phosphorylation at 'Ser-927' and 'Ser-932' are required for BTRC/BTRCP-mediated proteolysis.PTM Polyubiquitination seems to allow p105 processing.PTM S-nitrosylation of Cys-61 affects DNA binding.PTM The covalent modification of cysteine by 15-deoxy-Delta12,14-prostaglandin-J2 is autocatalytic and reversible. It may occur as an alternative to other cysteine modifications, such as S-nitrosylation and S-palmitoylation. UniProt P19838 1 平等的 433 平等的