使用JSBML版本1.5在7/15/21 12:39 PM从Reactome版本77生成SBML。
在哺乳动物中，声音在耳蜗中进行处理，耳蜗是内耳的一个螺旋形器官（Basch et al.2016、Fettiplace 2017、Koppl和Manley 2019对此进行了综述）。低频声音在耳蜗的远端（顶端）被感知；高频声音在耳蜗的近端（基部）被感知（Dallos 1992，Manley 2018年回顾）。声音振动从耳鼓通过内耳的三块骨头（锤骨、砧骨、镫骨）和耳蜗的椭圆窗传递到耳蜗内的液体。在耳蜗的Corti器官内，Corti通道外侧有3排外毛细胞（OHC），内侧有1排内毛细胞（IHCs）（Spoendlin 1967）。每个IHC与大约20个传入有髓I型螺旋神经节神经元形成突触，并作为感觉受体将声波能量转换为谷氨酸神经递质的分泌。多个OHCs与每个无髓鞘II型传入神经元突触，OHCs也与传出内侧橄榄鞘纤维突触（Spoendlin 1967）。然而，OHCs的主要功能是放大科尔蒂器官对声音的反应（Ryan和Dallos，1975）。扩增是由不寻常的膜蛋白prestin构象变化引起的受体电位驱动的细胞长度变化产生的（SLC26A5，Zheng等人，2000）。IHC和OHC通过其顶端表面上的立体纤毛偏转来感知声波振动（在Fettiplace等人2017，McPherson 2018中进行了审查）。该立体纤毛以高度递增的行排列，其中一行的立体纤毛通过由较高立体纤毛上的CDH23二聚体在其N-末端连接到较短立体纤毛上的PCDH15二聚体的N-末端组成的尖端连接连接到另一行的立体纤毛。CDH23通过MYO7A（MYOVIA）、USH1C（Harmonin）和USH1G（Sans）与更高的立体纤毛的细胞骨架相连（在Peng等人2011年、Cosgrove和Zallocchi 2014年、Barr Gillespie 2015年、Fettiplace 2017年、McGrath等人2017年、Cunningham和Müller 2019年、ÓMaoiléidigh和Ricci 2019年、Velez Ortega和Frolenkov 2019中回顾）短立体纤毛上的PCDH15与LHFPL5相互作用，LHFPL5是机械电转导通道（MET通道，也称为机械传导通道）的辅助亚单位，至少包含TMC1或TMC2、TMIE以及辅助亚单位LHFPL5和CIB2（在2016年费蒂广场、2018年邱和穆勒、Corey等人2019年审查）.立纤毛在增加尖端连接张力的方向上的偏转通过增加MET通道的开放概率导致细胞去极化，然后MET通道根据scala介质之间的离子梯度将钙和钾输送到毛细胞中（含154 mM K+的内淋巴液和IHC的去极化导致基底外侧膜上排列成条纹的电压门控钙通道开放，靠近IHC和有髓I型螺旋神经节神经元传入纤维之间形成的带状突触。这导致胞浆钙离子的局部增加，其中在带状结构含有谷氨酸的突触小泡上使用耳蜗啡肽（OTOF）进行ract，以激活谷氨酸向与传入神经元形成的突触中的胞吐（在Wichmann 2015、Pangrsic和Vogl 2018中进行了综述）带状突触的区别在于电子密集的带状结构从突触前膜投射到胞质溶胶中，至少包括巴松管、里贝耶（CTBP2的一种亚型）和皮科利诺（皮科洛的一种亚型）。带状结构似乎能暂时结合突触小泡，并促进突触小泡在活动区的再供应，以补充易释放小泡池（见Moser等人2006，Moser等人2020）与IHC相比，OHC主要起到扩声作用，其长度减少约4%，以响应MET通道开放引起的去极化，长度增加，以响应通道闭合引起的超极化，从而导致网状椎板和th之间的交替压缩和减压基底膜。OHC长度的变化是由膜蛋白prestin（SLC26A5）构象的快速（微秒）电压敏感变化引起的。立体纤毛ATP2B2（PMCA2）挤压钙离子，位于基底的KCNQ4挤压钾离子以使OHC复极。OHC与传出胆碱能内侧橄榄鞘纤维形成突触（见Fritzsch和Elliott 2017，Fuchs和Lauer 2019）。突触释放的乙酰胆碱结合一种不寻常的尼古丁拮抗烟碱受体，包括CHRNA9和CHRNA10。结合乙酰胆碱后，CHRNA9:CHRNA10将钙离子转运到OHC中。钙激活SK2钾通道（KCNN2）和BK钾通道（KCNMA1:KCNMB1），排出钾离子，hyperpolarize the OHC, and inhibit activation of the OHC. Loud sounds can cause a temporary threshold shift (temporary loss of hearing) caused by damage to stereocilia and synapses or permanent threshold shift (permanent loss of hearing) caused by damage or death of hair cells and neurons (reviewed in Kurabi et al. 2017).
源自一个反应式复合体。以下是这个复合物的Reactomes嵌套结构:(P60880, Q16623)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源自一个反应式复合体。这里是Reactomes为这个复杂的嵌套结构:(4xQ12791, Q8N7C0, 4xQ16558)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
派生自一个Reactome EntityWithAccessionedSequence。这是一种蛋白质
源于简单的反应。这是一种小化合物
派生自Reactome DefinedSet。这是可选实体的列表，其中任何一个都可以执行给定的功能
派生自一个Reactome EntityWithAccessionedSequence。这是一种蛋白质
源自一个反应式复合体。这里是这个复合物的Reactomes嵌套结构:(15355,2xQ9UGM1, 3xQ9GZZ6)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源于简单的反应。这是一种小化合物
源自一个反应式复合体。以下是Reactomes对这个复合物的嵌套结构:(Q6ZRI0, Q3ZCN5, Q7RTU9)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源自一个反应式复合体。这里是Reactomes嵌套结构这个复杂:(4xQ9H2S1)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源于简单的反应。这是一种小化合物
源自反应体复合体。以下是此复合体的Reactomes嵌套结构：（Q6ZVH7，Q9Y4F9，Q6IBS00，Q9Y6N9，2XQQ01082，O1496，6个NFK2，Q12792，2XQ8新7，2XQ8新7，2xO75838，2XQ6ZH7，Q6ZZZZZZZH6，2Q66ZZZZZ6，2Q27792新7，2XQ8新7新7，2XXO758新7新7，2xO75838新7，2xO75838，2xO75838 8新8新8新8，2XQQ8新7新7新7，2XQQQQ8新7新7新7新7，2XQQ8新7新7新7新7，2XQ8新7新7新7新7新7新7新7新7新7，2XQQQQQQQQQ8新7新7新9H251、Q12929、P47756、Q8NEV4、Q9H2D6、，2xA4UGR9、2xQ8TDI8、2xQ96QU1、Q495M9、A8MXD5）。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1 core中无法完全表示
源自一个反应式复合体。这里是Reactomes为这个复杂的嵌套结构:(4xQ12791, 4xQ16558)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源自一个反应式复合体。这里是这个复杂的Reactomes嵌套结构:(4xP56696)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
派生自一个Reactome EntityWithAccessionedSequence。这是一种蛋白质
源于简单的反应。这是一种小化合物
派生自Reactome复合体。以下是此复合体的Reactomes嵌套结构：（Q6ZVH7，Q9Y4F9，Q00013，Q6IBS00，Q9Y6N9，2xQ01082，O14926，O1496，6个NFK2，Q1279 9 9 9 9 9 9号，Q6ZZH7，Q6ZZZH7，Q66ZZZZZZZ7，2X6ZZZZZZZ6，6-6，6-6-6，6-6号，6-6-6号，6号，6-6号，6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6号。6 9H251、Q12929、Q8NEV4、Q9H2D6、2xA4UGR9，2xQ8TDI8，2xQ96QU1，Q495M9，A8MXD5）。Reactome对复合体使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1 core中无法完全表示
源于简单的反应。这是一种小化合物
源自一个反应式复合体。这里是Reactomes嵌套结构这个复杂:(4xP58743)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源于简单的反应。这是一种小化合物
派生自Reactome复合体。以下是此复合体的Reactomes嵌套结构：（17544179964xp58743）。Reactome对复合体使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1 core中无法完全表示
源于简单的反应。这是一种小化合物
源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构:(2xQ9UGM1, 3xQ9GZZ6)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源于简单的反应。这是一种小化合物
派生自一个Reactome EntityWithAccessionedSequence。这是一种蛋白质
源自Reactome复合物。这是该复合物的Reactomes嵌套结构：（P17600、Q9H3Z4、P08247、29985、Q9Y6V0、Q9UPA5、P56545、2xQ8NDX2、P20336、Q9HC10、P63027）。Reactome使用复合物的嵌套结构，不能在SBML级别3版本1核心中完全表示
源于简单的反应。这是一种小化合物
源自反应体复合体。这是这个复合物的反应体嵌套结构：（P17600，Q9H3Z4，P08247，P60880，29108，Q16623，Q8NDX2，P20336，Q9HC10，P63027）。Reactome对复合体使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1 core中无法完全表示
派生自Reactome复合体。以下是此复合体的Reactomes嵌套结构：（Q9NY47、Q01668、Q08289）。Reactome对复合体使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1 core中无法完全表示
源自一个反应式复合体。下面是Reactomes对这个复合体的嵌套结构:(Q9Y6V0, Q9UPA5, P56545)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
派生自一个Reactome EntityWithAccessionedSequence。这是一种蛋白质
外毛细胞(OHCs)中的大钾电流通道(BK通道，KCNMA1的四聚体:KCNMB1)在钙离子流入时打开，从而导致钾离子外流，使OHC超极化并阻止OHC收缩(从小鼠和大鼠同源物推断)。
这描述了一种由调节器正调控的事件/催化剂活性(例如，变构活化)
膜蛋白SLC26A5（prestin）在膜平面上收缩，以响应机械电转导（MET）通道开放引起的细胞去极化（从大鼠同源物推断）类似地，SLC26A5在膜平面内膨胀，以响应MET通道闭合引起的超极化。当前的反应模型假定阴离子（氯化物或碳酸氢盐）的结合在SLC26A5内沿渗透路径的中间有一个结合袋，导致SLC26A5在膜中占据的面积发生变化（根据大鼠同源物推断）.阳离子通过MET通道的流入导致阴离子从SLC26A5解离，从而逆转构象变化。由于prestin构象变化，OHCs的收缩-伸长周期提供运动的反馈放大（主要是网状层）科尔蒂器官。在低声级时，放大率约为1000倍，随着声级的增加而非线性降低。在没有OHCs（Ryan和Dallos 1975）或功能性prestin（从小鼠同源物推断）的情况下，放大率消失。
这描述了一种由调节器正调控的事件/催化剂活性(例如，变构活化)
CHRNA9:CHRNA10是一种被尼古丁阻断（而非激活）的不寻常的烟碱乙酰胆碱受体，它与由橄榄耳蜗复合体传出神经元分泌的乙酰胆碱结合，橄榄耳蜗复合体与外毛细胞（OHC）的基底区形成突触（根据大鼠同源物推断）。
外毛细胞(OHCs)中的小钾电流通道(SK2通道，KCNN2四聚体)对胞质钙的响应开放，并将钾离子从胞质运输到细胞外区域，导致OHC的超极化和收缩抑制(从小鼠同源物推断)。
内毛细胞内钙离子的流入(IHC)激活了位于质膜内表面的带状结构附近的小泡的谷氨酸的胞外排泄(从小鼠同源物推断)。ihc的谷氨酸囊泡表面有Otoferlin (OTOF)而不是synaptotagmin，作为与质膜融合的钙敏感触发器(从小鼠同源物推断)。Otoferlin与质膜上SNARE蛋白STX1A和SNAP25相互作用(从小鼠同源物推断)。带状结构包含RIBEYE (CTBP2的剪接变体，Schmitz et al. 2000)， PICCOLINO (PICCOLO的短变体，从小鼠同源物推断)和BASSOON(从小鼠同源物推断)，它将结构连接到质膜，并定植钙通道和囊泡，并促进囊泡的补充(从小鼠同源物推断)。
BK钾通道（KCNMA1：KCNMB1）与内毛细胞（IHC）（从小鼠同源物中推断）复合，其呈现对电压敏感但对钙离子不敏感的通道（从小鼠同源物推断）。响应于通过通过开口机电电转导（MET）通道引起的电池的去极化，KCNMA1：KCNMB1：LRRC52通道位于IHC的套环区域中，并将钾离子从电池中输送，从而参与了释放的IHC（从小鼠同源物推断）。
mechanoelectrical转导(遇到)通道位于技巧的顶端表面外毛细胞静纤毛(ohc)是由机械力打开通道CDH23: PCDH15提示链接缩短静纤毛的顶端连接到更高的静纤毛从鼠标同系物(推断)。CDH23二聚体通过USH1C (Harmonin)、USH1G (SANS)和MYO7A (MYOVIIA)(从小鼠同源物推断)连接到较高体纤毛的细胞骨架。通过钙依赖的相互作用，较高的立体纤毛一侧的CDH23二聚体与PCDH15二聚体结合，PCDH15二聚体连接到较短的立体纤毛顶端的MET通道(从小鼠同源物推断)。MET通道复合物至少包含TMC1或TMC2、TMIE、CIB2和LHFPL5, PCDH15与之相互作用(从小鼠同源物推断)。声音使静纤毛偏转，导致CDH23:PCDH15上的张力增加，导致MET通道开启的可能性增加。MET通道对阳离子相对非特异性，引导钙离子和钾离子从细胞外阶梯介质进入热盐的胞质。OHC的去极化导致OHC缩短，这是由于位于OHC侧膜的SLC26A5 (prestin)构象的变化。OHCs的细胞骨架组成不同于内毛细胞(ihc): MPP1和GSN在OHCs中存在，而在ihc中不存在(从小鼠同源物推断)。
这描述了一种由调节器正调控的事件/催化剂活性(例如，变构活化)
电压门控L型CAV1.3包含CaCNA1D的钙通道：CaCNA2D2：CaCnB2响应于通过机械转导（MET）通道的阳离子（钙和钾）引起的内毛细胞（IHC）的去极化开口顶端立体菌（从小鼠同源物中推断）。钙通道位于IHC的基底外侧表面上，紧邻细胞质带结构，其临时锚定并纳入谷氨酸囊泡在质膜的内表面附近（从小鼠同源物中推断）。Cav1.3钙通道和带状结构之间的接近允许少数（约10）个钙通道，以在谷氨酸释放部位（从小鼠同源物中推断）附近产生高局部浓度的Ca2 +。
这描述了一种由调节器正调控的事件/催化剂活性(例如，变构活化)
这描述了一种由调节器正调控的事件/催化剂活性(例如，变构活化)
这描述了一种由调节器正调控的事件/催化剂活性(例如，变构活化)
在结合乙酰胆碱(AcCho)的反应中，CHRNA9:CHRNA10受体将钙离子从细胞外区域运输到胞质(从大鼠同源物推断)。CHRNA9:CHRNA10受体聚集在外毛细胞基底区(OHCs)的胆碱能突触(从大鼠同源物推断)。钙的内流导致SK2通道(KCNN2)和BK通道(KCNMA1:KCNMB1)的开放，钾离子的外流，超极化，以及ohc收缩的抑制。
KCNQ4位于外毛细胞(OHCs)的基膜和内毛细胞的基外侧膜(从小鼠同源物推断)，将钾离子沿浓度梯度从胞质运输到细胞外区域(Kubisch et al. 1999，从小鼠同源物推断)。由此产生的钾外流被认为是I(K,n)电流的原因，它在设定细胞的静息电位和细胞复极化中起作用。KCNQ4的缺失导致ohc去极化和变性增加(从小鼠同源物推断)。
mechanoelectrical转导(遇到)通道位于尖内毛细胞静纤毛在顶端表面是由机械力打开通道的CDH23: PCDH15提示链接连接短静纤毛的顶点和更高的静纤毛从鼠标同系物和鼠同源染色体(推断)。CDH23二聚体通过USH1C (Harmonin)、USH1G (SANS)和MYO7A (MYOVIIA)(从小鼠同源物推断)连接到较高体纤毛的细胞骨架。通过钙依赖的相互作用，较高的立体纤毛一侧的CDH23二聚体与较短的立体纤毛顶端的PCDH15二聚体结合，后者可能通过LHFPL5与较短的立体纤毛上的MET通道相互作用(从小鼠同源物推断)。MET复合物至少包含TMC1或TMC2、TMIE、CIB2和LHFPL5, PCDH15与之相互作用(从小鼠同源物推断)。复合体的实际成孔单元尚未确定。声音使静纤毛偏转，导致CDH23:PCDH15上的张力增加，导致MET通道开启的可能性增加(从小鼠和大鼠同源物推断)。MET通道对于阳离子是相对非特异性的，它允许钙离子和钾离子从细胞外台阶介质进入内耳毛细胞的胞质(从小鼠和大鼠的同源物推断)。由此产生的细胞去极化最终导致谷氨酸介导的有髓鞘传入神经的激活。
这描述了一种由调节器正调控的事件/催化剂活性(例如，变构活化)
ATP2B2 (wa isoform)位于内毛细胞和外毛细胞静纤毛束的质膜上，通过ATP的水解将钙离子从细胞质运输到细胞外区域(Ficarella et al. 2007, Giacomello et al. 2011，在大鼠和小鼠中观察到)。ATP2B2似乎促进钙离子的流出,进入静纤毛在去极化引起的mechanoelectrical转导通道,因此ATP2B2在复极化过程中发挥作用的细胞(Ficarella et al . 2007年,Giacomello et al . 2011,并观察大鼠和小鼠)。
位于内毛细胞基底外侧膜的ATP2B1 (PMCA1)将钙离子从胞质运输到细胞外区域，同时伴随着ATP的水解(从大鼠同源物推断)。钙离子的外流被认为参与细胞的复极化。