SBML从Reactome版本77生成的关于使用JSBML版本1.5 21年6月22日下午8点14分。

人寡核苷酸合成酶(OAS)家族由四种蛋白质组成,其生产由干扰素,OAS1,OAS2,OAS3和OASL刺激。前三名成员具有家庭被命名的2'-5'-寡核苷酸合成酶活性(Sadler AJ和Williams BR 2008),而OASL虽然与其他OAS蛋白共享了显着的序列相似性,但OASL已经没有这种活动(朱j等等。2015年)。通过双链RNA激活OAS1,2和3,以合成来自ATP(Kerr IM和Brown Re 1978)的5'-三磷酸化2'-5'-寡核苷酸(2-5A)。2-5A用作化学独特的第二发短信,通过激活核糖核酸酶L(RNA酶L)诱导调节的RNA腐烂,从而介导抗病毒先天免疫(周A等人。1993; Lin RJ等人2009; Huang H等人。2014;韩y等。2014)。RNase L也涉及抗菌先天免疫(Li Xl等,2008)。RNase L在UU或UA二核苷酸之后,在富含UU或UA二核苷酸之后,将单链RNA(SSRNA)切割,留下5'-OH和2',3'-环状磷酸盐(Floyd-Smith G等人。1981; Wreschner Dh等Al.1981; Cooper da等人2014)。组织OAS蛋白具有额外的或替代的抗病毒功能,其独立于RNase L Active(Perelygin AA等,2002; Kristiansen H等人2011)。RNase L-Indushy OAS抗病毒活性的精确机制仍然被完全阐明。

Shamovsky 维罗妮卡 纽约医学院生物化学系 Shamovsky 维罗妮卡 纽约医学院生物化学系 肖尔斯 所罗门 OIDR. 2017-03-27T19:27:50Z 2021-05-22T01:47:23Z 2017-03-27T22:12:15Z

从Reactome DefinedSet的。这是替代实体的名单,其中任何一个可以执行给定功能

从Reactome SimpleEntity的。这是一个小化合物

源自一个反应式复合体。下面是这个复合物的Reactomes嵌套结构:(Q05823, P61221)。extome使用嵌套结构进行复合物,其不能在SBML级别3版本1核中完全代表

源自反垃圾突破序列。这是一种蛋白质

源自一个反应式复合体。这里是该复合物的反射嵌套结构:(P00973)。extome使用嵌套结构进行复合物,其不能在SBML级别3版本1核中完全代表

源自一个反应式复合体。下面是这种复杂Reactomes嵌套结构:(Q05823,P21333)。extome使用嵌套结构进行复合物,其不能在SBML级别3版本1核中完全代表

源自反垃圾突破序列。这是一种蛋白质

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从Reactome SimpleEntity的。这是一个小化合物

源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构:(P29728)。extome使用嵌套结构进行复合物,其不能在SBML级别3版本1核中完全代表

从一种反应式聚合物中得到。由数目不定的重复单位组成的分子。包括化学计量是可变的或未知的配合物。重复单元在repeatedUnit槽中被识别

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从Reactome GenomeEncodedEntity的。肽或多核苷酸,其序列是未知的,因此不能被链接到外部序列数据库或用于直向推理

源自一个反应式复合体。下面是这种复杂Reactomes嵌套结构:(4xP00973)。extome使用嵌套结构进行复合物,其不能在SBML级别3版本1核中完全代表

源自反垃圾突破序列。这是一种蛋白质

源自一个反应式复合体。这里是这个复合物的Reactomes嵌套结构:(Q15646, O95786)。extome使用嵌套结构进行复合物,其不能在SBML级别3版本1核中完全代表

从Reactome OtherEntity的。实体,我们无法或不愿意在化学详细描述,不能放在任何其他类。可以用来表示在细胞中复杂的结构,其参与反应,但我们不能或不想分子限定,例如细胞膜,霍利迪结构

源自反垃圾突破序列。这是一种蛋白质

从Reactome OtherEntity的。实体,我们无法或不愿意在化学详细描述,不能放在任何其他类。可以用来表示在细胞中复杂的结构,其参与反应,但我们不能或不想分子限定,例如细胞膜,霍利迪结构

RNASEL切割ssRNA生成5'-OH, 2'-3'环磷酸RNA片段

源自一个反应式复合体。下面是这种复杂Reactomes嵌套结构:(Q9Y6K5)。extome使用嵌套结构进行复合物,其不能在SBML级别3版本1核中完全代表

源自一个反应式复合体。下面是这种复杂Reactomes嵌套结构:(2xP29728)。extome使用嵌套结构进行复合物,其不能在SBML级别3版本1核中完全代表

从Reactome SimpleEntity的。这是一个小化合物

源自反垃圾突破序列。这是一种蛋白质

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从Reactome GenomeEncodedEntity的。肽或多核苷酸,其序列是未知的,因此不能被链接到外部序列数据库或用于直向推理

从Reactome SimpleEntity的。这是一个小化合物

源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构:(2xq05823,30616)。extome使用嵌套结构进行复合物,其不能在SBML级别3版本1核中完全代表

源自反垃圾突破序列。这是一种蛋白质

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2'-5'-寡腺苷酸合成酶3 (OAS3)是一种不依赖于模板的核苷酸转移酶,一旦在胞质中被双链RNA激活,就会产生第二信使分子5'-三磷酸化的2',5 '-连接寡腺苷酸(2- 5a)。据报道OAS3可优先产生二聚体2-5A (Rebouillat D et al. 1999)。然而,最近的报道显示,OAS3能够合成足够长度的2',5'-低聚腺苷酸酯(三腺苷酸酯和更长)来激活RNase L,从而限制病毒的繁殖(Ibsen MS et al. 2014;李燕等,2016)。

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核糖核酸酶L (RNASEL)基因编码一个包含双核糖核酸内切酶伪激酶RNase L的锚蛋白重复结构域,在干扰素(IFN)抗病毒反应中起作用(Wreschner DH et al. 1982;周安等。1993;Hassel BA等人,1993年;Huang H et al. 2014;韩颖等,2014)。病毒双链RNA激活后,由几种2'-5'低聚腺苷酸合成酶(OAS)合成5'-三磷酸2'-5'-连接低聚腺苷酸酯(2- 5a)。2-5A与单体结合,使RNase L失活,使其通过ANK结构域二聚(Dong B和Silverman RH 1995;田中等,2004,2005;韩颖等,2012)。活化的RNase L可切割单链病毒和细胞RNA,主要是在UpU和UpA双核苷酸之后(Floyd-Smith G et al. 1981; Wreschner DH et al. 1981). The triadenylate form of 2-5A is the minimal active molecule, however, longer 2',5'-oligoadenylates retain the ability to activate RNase L (Dong B et al. 1994).RNase L possesses nine ankyrin repeats (the 9th being incomplete) in the N-terminus, and pseudokinase and nuclease domains in the C-terminus, which is also termed the kinase-extension nuclease (KEN) domain (Hassel BA et al. 1993; Tanaka N et al. 2004; Han Y et al. 2014; Huang H et al. 2014). The monomeric RNase L lacks nucleolytic activity, however, deletion of ankyrin repeats caused constitutive, albeit reduced, ribonuclease activity (Dong B et al. 1997). Crystal structure data indicate that 2-5A binds to the second and fourth ankyrin repeats and the pseudokinase domain (Tanaka N et al. 2004; Huang H et al. 2014; Han Y et al. 2014). These interactions, in conjunction with binding between the pseudokinase domains of the two protomers, mediate dimerization and enzymatic activation within minutes (Huang H et al. 2014; Han Y et al. 2012, 2014). Once active, RNase L cleaves ssRNA, including cellular mRNA and rRNA as well as microbial RNAs. In uninfected cells RNase L interacts with the actin-binding protein filamin A (FLNA) to modulate the actin cytoskeleton and inhibit virus entry into cells (Malathi K et al. 2014; Ezelle HJ et al. 2016). Upon infection and activation of its enzymatic activity by 2-5A, RNase L dissociates from FLNA to mediate its antiviral signaling (Malathi K et al. 2014; Ezelle HJ et al. 2016).

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这描述了一种由调控因子负调控的事件/催化剂活性(例如,变构抑制,竞争抑制)

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病毒双链rna激活的低聚腺苷酸合成酶3 (OAS3)表现出对长双链rna的强烈偏好。一项包括人类OAS3 (hOAS3.DI)与19 bp dsRNA复合物中酶活性不强的2'-5'寡聚腺苷酸合成酶结构域n端晶体结构的研究表明,该结构域I (DI)亚基对长(>50 bp) dsRNA的结合具有很高的亲和力,然后将其呈现给OAS3的酶活性c端结构域III (DIII),该结构域可从ATP生成5' -三磷酸化的2'-5' olgoadenylates (Donovan J et al. 2015)。据报道,OAS3是主要的抗病毒人类OAS亚型(Li Y et al. 2016)。

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ATP结合盒亚族E构件1(ABCE1,AKA RNase L抑制剂,RLI)是在细胞质和核膜中表达的ATP结合盒式转运盒的成员。Abce1在病毒感染期间诱导(Bisbal C等人1995; Martinand C等人1998,1999)。显示ABCE1(RLI)与RNA酶L抑制RNA酶L的内衣核酸酶活性相关,从而拮抗IFN调节的2'-5'寡核酸盐/ RNA酶L途径的抗病毒效果(Bisbal C等人1995; MartinandC等人。1998,1999)。此外,Abce1(RLI)的过度表达或敲低对RNA酶L至2'-5'寡核酸盐,RRNA切割,线粒体mRNA的稳定化,抗病毒活性和抗肿瘤活性的结合的抑制作用(Martinand C等人。19981999年; Le Roy F等人。2001; Malathi K等人。2004; Huang B等人。2014; Tian Y等。2016)。除了其作为RNase-L抑制剂的作用,ABCE1被认为参与翻译终止和核糖体回收(Dong J等,2004; Chen ZQ等,2006; Khoshnevis S等人2010)。

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使用ifn处理的人HeLa和Daudi细胞提取物进行凝胶过滤实验,结果显示2',5'-寡聚腺苷酸(2- 5a)合成酶(OAS2, p69)以160 kDa的二聚体存在(Marie I et al. 1990)。生化和突变研究表明,OAS2蛋白的二聚作用是其酶活性所必需的(Sarkar SN et al. 1999)。此外,照片亲和力交联、肽图研究底物结合位点在OAS2只有建议OAS2活跃的二聚体,因为它催化加入受体基质绑定到一个亚基供体基质绑定到其他单元(Sarkar SN et al . 2002年)。

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核糖核酸酶L(RNA酶L)是含有双核糖核酸内切酶,假性锚蛋白(ANK)重复结构域,其是通过基因RNASEL(Wreschner DH等人1982年编码;周阿等al.1993;无驱BA等人,1993;黄H等人2014;韩Y等人2014)。活化的RNase L形成同源二聚体(Dong B和Silverman RH 1995),它在不同RNA底物的单链区域内切割,主要是在UpAp和UpUp双核苷之后,在RNA切割产物的末端保留2',3'-环磷酸基和5'-羟基(Wreschner DH et al. 1981;Floyd-Smith G等人1981年;Han Y et al. 2012;Cooper DA et al. 2014)。RNase L的抗病毒作用是通过综合效应产生的,并取决于病毒和细胞类型。这包括切割阻止病毒复制的病毒基因组ssRNA (Cooper DA et al. 2015),切割抑制病毒蛋白质合成的病毒mRNA,以及切割病毒复制所需的细胞RNA,如mRNA和rRNA (Wreschner DH et al. 1981;Silverman RH et al.1983;Brennan-Laun SE et al. 2014; Cooper DA et al. 2014). RNase L induces apoptosis to eliminate virus-infected cells and autophagy to limit viral infections in some circumstances (Zhou A et al. 1997; Castelli JC et al. 1997; Chakrabarti A et al. 2012). Depending on the cell type and basal levels of RNase L, viral and cellular RNA cleavage products induce signaling to the IFN beta gene through RIG-I and/or MDA5 and MAVS (Malathi K et al. 2007; Banerjee S et al. 2014).

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Oligoadenylate synthetase 1 (OAS1) produces the second messenger 5’-triphosphorylated 2'-5'-oligoadenylate (2-5A), which limits viral propagation through the activation of the enzyme RNase L (reviewed by Silverman RH 2007; Hornung V et al. 2014). OAS1 produces 2-5A from ATP by transferring an AMP unit from the AMP donor substrate (ATP) to the 2′-hydroxyl group of an AMP acceptor substrate, ATP or a preformed 2-5A oligomer (Lohofener J et al. 2015). This produces a 2-5A dimer (ppp5'A(2'-5')A) or an elongated 2-5A oligomer (ppp5'A((2'-5')A)n), as well as one molecule of pyrophosphate (PPi) for each AMP residue added (Lohofener J et al. 2015). Structural studies showed that RNA-induced conformational rearrangement in OAS1 positions the active site residues D75, D77, and D148 compactly for coordination of two Mg2+ ions and for binding of ATP (Donovan J et al. 2013). The assembly of this critical active-site structure of OAS1 provides the gate that couples binding of dsRNA to the production and downstream functions of 2-5A, enabling OAS1 to function as a sensor of double-stranded RNA (dsRNA) (Donovan J et al. 2013).

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人类寡腺苷酸合成酶2(OAS2)由双链RNA(dsRNA的)激活(。Hovanessian AG等人1988; Behera AK等人,2002;克里斯坦森H等人2011)。

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2'-5'-寡腺苷酸合成酶2(OAS2)聚合ATP转化为5'-三磷酸,2'-5'-寡腺苷酸连接(2-5A)(Hovanessian AG等人1988;萨卡SN等,1999,2002)。2-5A分子通过核糖核酸酶L(RNA酶L)识别(汉Y等人2014;黄H等人2014)。活化的RNase L切割,导致病毒复制(西尔弗曼RH 2007)的抑制病毒和细胞RNA。

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核糖核酸酶L(RNA酶L)是含有双核糖核酸内切酶,假性锚蛋白(ANK)重复结构域,其是通过基因RNASEL(Wreschner DH等人1982年编码;周阿等al.1993;无驱BA等人,1993;黄H等人2014;韩Y等人2014)。活化的RNase L形成同源二聚体(Dong B和Silverman RH 1995),它在不同RNA底物的单链区域内切割,主要是在UpAp和UpUp双核苷之后,在RNA切割产物的末端保留2',3'-环磷酸基和5'-羟基(Wreschner DH et al. 1981;Floyd-Smith G等人1981年;Han Y et al. 2012;Cooper DA et al. 2014)。核糖核酸酶L的抗病毒功能延伸超过病毒RNA的直接裂解,并包括也裂解细胞RNA例如mRNA和rRNA基因是病毒复制所需的(Wreschner DH等人1981年的;西尔弗曼RH等al.1983;布伦南-洗衣机。SE等人2014;库珀DA等人2014)。核糖核酸酶L诱导细胞凋亡消除病毒感染的细胞和自噬限制在某些情况下,病毒感染(周某等人1997;卡斯泰利JC等,1997;查克拉巴蒂A等2012)。根据RNA酶L,病毒和细胞RNA裂解产物诱导通过RIG-I信令给IFN测试基因和/或MDA5和MAVS的细胞类型和基础水平(Malathi K等人2007;纳吉小号ETL人2014)。

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干扰素依赖性抗病毒机制触发的5'-三磷酸化2'- 5'oligoadenylate合成酶(OAS)蛋白结合的双链RNA和催化合成5'-三磷酸化2'-5' 从ATP的寡聚腺苷酸(克里斯坦森等活化2011)。由OAS样(OASL)基因编码的蛋白质P59是OAS家族的,因为它缺乏特性2'-5' 寡腺苷酸合成酶活性的意义的非典型构件(哈特曼1998等; Rebouillat等,1998。)。此外,OASL包含两个串联的泛蛋白 - 样在C末端结构域(UBL),这是在其它OAS蛋白不存在(Hartmann等人1998; Rebouillat等,1998)。。萨卡和2004森; Marques的等OASL经由干扰素以及由IFN信号,并已显示出具有抗病毒活性的调节因子3(IRF3),这需要UBL域(Melchjorsen等人,2009迅速诱导由病毒感染。2008; Schoggins等人2011)。OASL被认为与相互作用并提高RIG1(DDX58)通过信令其C末端泛素样结构域(UBL)通过模拟多聚泛蛋白(诸J等。2014)。OASL表达的丧失在人类细胞中降低DDX58信令和增强的病毒复制。相反地​​,OASL表达抑制了一些在DDX58依赖性病毒的复制和增强DDX58介导的IFN诱导(诸J等。2014)。

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人低聚腺苷酸合成酶1 (OAS1)识别通常由病毒感染产生的双链RNA (dsRNA)。人类OAS1绑定到的x射线晶体结构模型18-bp dsRNA双显示dsRNA绑定变构驱动功能必不可少的结构性重组人类OAS1缩小内三磷酸腺苷(ATP)绑定裂和复位催化残基完成其活性部位(多诺万J et al . 2013年)。一旦受到dsRNA的刺激,OAS1利用ATP合成一系列5'-三磷酸化的2'-5'连接的低聚腺苷酸,包含2到5个以上的腺苷酸残基。5'-三磷酸化的2'-5 '连接三腺苷酸酯(即ppp5'A2'p5'A2'p5'A)通常是最丰富的活性物种(Kerr IM和Brown RE 1978)。

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2'-5'-寡腺苷酸合成酶的OAS1四聚所需的酶促活性(戈什A等人,1997)。

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病毒感染产生dsRNA,激活OAS同工酶合成5'-三磷酸化的2'-5'连接低聚腺苷酸酯(2- 5a)。潜在L核糖核酸酶(L核糖核酸酶)结合2-5A oligomerizes成为一个活跃的复杂的能力裂开ssRNA成视黄acid-inducible基因(rig - i)和nucleotide-binding寡聚化域,富亮氨酸重复和pyrin域包含3 (NLRP3) inflammasome-activating小rna (Malathi K et al . 2007;Chakrabarti A et al. 2015)。2 ' -磷酸二酯酶(PDE12)介导的2- 5a降解可减弱RNase L的活化。PDE12是一个内切酶/外切酶/磷酸酶家族成员的deadenylases具有3 ',5 ' -和2 ',5 ' -磷酸二酯酶活性。PDE12定位于线粒体基质,除了降解2-5A外,还从一些线粒体mrna中去除poly(A)尾(Kubota K et al. 2004;Poulsen JB et al. 2011;Rorbach J et al. 2011;Silverman RH和Weiss SR 2014;Wood ER et al. 2015)。 The 2H phosphoesterase, AKAP7, is an unrelated nuclear enzyme that also degrades 2-5A (Gusho E et al. 2014). Several viruses, including some coronaviruses and rotaviruses, encode structurally related 2H phosphoesterases (each with two conserved histidine motifs) that degrade 2-5A and antagonize RNase L mediated antiviral activity (Zhao L et al. 2012; Zhang R et al. 2013; Silverman RH and Weiss SR 2014; Ogden KM et al. 2015; Sui B et al. 2016; Thornbrough JM et al. 2016; Goldstein SA et al. 2017).

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病毒感染产生的dsRNA激活的2'-5' 寡腺苷酸合成酶(OAS),以合成5'-三磷酸化从ATP 2'-5'-寡腺苷酸连接。与ppp5'A(2'p5'A)的化学结构的2'-5'-寡聚腺苷酸连接Ñ包含2到大于5个腺苷酸残基(N> 2),并且通常被称为2-5A(克尔IM和布朗RE 1978)。这在人由RNASEL基因编码的2-5AS绑定潜核糖核酸酶L(RNA酶L)。核糖核酸酶L寡聚成活性络合物能够裂解病毒ssRNA和细胞的ssRNA抑制病毒复制和传播的(西尔弗曼RH 2007; Malathi K等人2007;查克拉巴蒂A等人2015)。病毒已经制定不同的战略,以逃避宿主的抗病毒效果。一些病毒,包括一些冠状病毒和轮状病毒,编码结构相关的2H phosphoesterases有两个保守的他-X-丝氨酸/苏氨酸基序的催化位点。中东呼吸综合征冠状病毒的NS4B蛋白(MERS-CoV的),轮状病毒A(RVA),非结构2(NS2)人呼吸道冠状冠状-OC43的蛋白和鼠肝炎病毒的其同源物NS2蛋白的蛋白质VP3(MHV)具有酶活2',5-磷酸二酯酶(PDE)活性,其能够拮抗的RNase L,从而抵消在哺乳动物一种有效的宿主的抗病毒反应(Mazumder R等人,2002的;赵L等2012;张蓉等人2013;西尔弗曼RH和Weiss SR 2014;奥格登KM等人2015;随B等人,2016; Thornbrough JM等人2016;戈尔茨坦SA等2017)。 The viral 2',5'-PDEs are phylogenetically related to the cellular 2',5'-PDE, a kinase anchoring protein 7 (AKAP7) (Mazumder R et al., 2002; Gold MG et al. 2008; Ogden KM et al. 2015; Brandmann T and Jinek M 2015). Murine AKAP7 was found to cleave the phosphodiester bonds of 2-5A in vitro with rates similar to its viral homologues, ns2 of MHV and VP3 of RVA (Gusho E et al. 2014). Murine AKAP7 (full length and central domain) also effectively degraded 2-5A in intact pIC-transfected human ovarian carcinoma Hey1B cells (Gusho E et al. 2014). The proviral effect of murine AKAP7 required cytoplasmic localization of the PDE domain of AKAP7, whereas full-length AKAP7 was observed only in nuclei. Further studies are needed to identify the subcellular compartment of 2′,5′-PDE activity of AKAP7.The Reactome event shows a cleavage of 2-5A by RVA protein VP3 as an example of viral 2',5'-PDE activity that antagonizes dsRNA signaling to RNase L.

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