使用JSBML版本1.5在6/23/21 11:02 AM从Reactome版本77生成SBML。
DNA损伤可以通过脱烷基直接逆转(Mitra和Kaina, 1993)。有三种酶在修复性DNA脱烷基化中起主要作用:MGMT, ALKBH2和ALKBH3。管理脱烷烃O-6-methylguanine自杀的反应,使酶失去活性(丹尼尔斯et al . 2000年,Rasimas et al . 2004年,杜吉德et al . 2005年,Tubbs et al . 2007年),而ALKBH2和ALKBH3脱烷烃1-methyladenine, 3-methyladenine, 3-methylcytosine 1-ethyladenine(邓肯et al . 2002年,Dango et al . 2011年)。
源自一个反应式复合体。下面是这个复合物的Reactomes嵌套结构:(29105,P16455)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构(Q6NS38, 29033)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
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来源于一个基因编码实体。一种序列未知的肽或多核苷酸，因此不能与外部序列数据库连接或用于逻辑推理
派生自Reactome DefinedSet。这是可选实体的列表，其中任何一个都可以执行给定的功能
源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构(Q6NS38, 29033)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源自一个反应式复合体。这里是这个复合物的Reactomes嵌套结构:(Q8N9N2, 29033, Q96Q83, Q9H1I8, Q8N3C0)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
来源于一个基因编码实体。一种序列未知的肽或多核苷酸，因此不能与外部序列数据库连接或用于逻辑推理
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
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来源于一个基因编码实体。一种序列未知的肽或多核苷酸，因此不能与外部序列数据库连接或用于逻辑推理
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源自一个反应式复合体。下面是这个复合物的Reactomes嵌套结构:(29105,P16455)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
来源于一个基因编码实体。一种序列未知的肽或多核苷酸，因此不能与外部序列数据库连接或用于逻辑推理
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构(Q6NS38, 29033)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源自一个反应式复合体。这里是这个复合物的Reactomes嵌套结构:(Q8N9N2, 29033, Q96Q83, Q9H1I8, Q8N3C0)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
依赖Fe2+-和氧戊二酸的ALKB加氧酶家族成员能够氧化地使烷基化的DNA和RNA脱甲基，从而修复它们。家庭成员alpha-ketoglutarate-dependent加双氧酶FTO (FTO)和RNA demethylase ALKBH5 (ALKBH5)本土化细胞核和既能脱甲基N (6) -methyladenosine (m6A) RNA,最丰富的内部修改信使核糖核酸(mRNA)在高等真核生物(汉et al . 2010年,贾庆林等。2011年,徐et al . 2014年)。FTO有助于全球代谢率、能量消耗和能量稳态的调节，并与体重指数(BMI)相关(Dina et al. 2007, Frayling et al. 2007, Zhang et al. 2015;review - Zhao et al. 2014, Merkestein and Sellayah 2015)。ALKBH5可能在精子发生中起作用。alkbh5缺陷的雄性小鼠在mRNA中n6 -甲基腺苷增加，其特征是生育力受损(Zheng et al. 2013)。
ALKBH2催化1-甲基腺嘌呤(1-meA)的甲基的去除反应依赖于氧，α -酮戊二酸和Fe2+。因此，ALKBH2以1-meA的形式直接逆转DNA的烷基化损伤，释放甲醛。ALKBH2对含1-甲基腺嘌呤的dsDNA的活性是3-甲基胞嘧啶的4倍(Duncan et al. 2002)。
MGMT识别并结合含有6- o -甲基鸟嘌呤的DNA，其方式与螺旋-环翼DNA结合模型一致，在螺旋-环翼DNA结合模型中，鸟嘌呤被翻转，以使甲基化的氧原子靠近MGMT活性位点(Vora等人1998,Daniels等人2000)。6- o -甲基鸟嘌呤形成的减弱或扭曲的碱基对可能有助于MGMT识别底物(Duguid et al. 2005)。MGMT通过Zn2+结合稳定(Daniels et al. 2000)。
ALKBH3是大肠杆菌AlkB的同系物(Trewick et al. 2002)，它通过依赖于-酮戊二酸、氧和Fe2+的反应从1-乙基腺嘌呤(1-etA)中去除乙基。ALKBH3以1-etA的形式直接逆转DNA的烷基化损伤，释放乙醛(Duncan etal . 2002)。通过ALKBH3逆转dsDNA的烷基化损伤需要DNA解旋酶ASCC3的存在，这是激活信号共激活复合物的组成部分(Dango et al. 2011)。ALKBH3还可以修复甲基化的RNA (Aas et al. 2003)。
ALKBH3 (ABH3)更倾向于与含有烷基化损伤的单链DNA或RNA结合。在ASCC3 DNA解旋酶存在下，ALKBH3与含有3-甲基胞嘧啶(3- mecc -dsDNA)烷基化损伤的dsDNA结合。ASCC3是ASCC1:ASCC2:ASCC3激活信号co-integrator复合物的一部分，它解开dsDNA，为ALKBH3提供合适的底物(Duncan et al. 2002, Sundheim et al. 2006, Chen et al. 2010, Dango et al. 2011)。ALKBH3的催化活性需要铁(Fe2+) (Duncan et al. 2002, Sundheim et al. 2006)。ALKBH3对含有3-甲基胞嘧啶的DNA的活性是1-甲基腺嘌呤的2倍(Duncan et al. 2002)。
ALKBH3是大肠杆菌AlkB的同源物(Trewick et al. 2002)，它通过依赖于α -酮戊二酸、氧和Fe2+的反应去除3-甲基胞嘧啶(3-meC)的甲基。ALKBH3以3-meC的形式直接逆转DNA的烷基化损伤，释放甲醛(Duncan et al. 2002)。通过ALKBH3逆转dsDNA的烷基化损伤需要DNA解旋酶ASCC3的存在，这是激活信号协积复合物的组成部分(Dango et al. 2011)。ALKBH3还可以修复甲基化的RNA (Aas et al. 2003)。
ALKBH3 (ABH3)更倾向于与含有烷基化损伤的单链DNA或RNA结合。在ASCC3 DNA解旋酶存在下，ALKBH3与含有1-乙基腺嘌呤烷基化损伤(1-etA-dsDNA)的dsDNA结合。ASCC3是ASCC1:ASCC2:ASCC3激活信号协积子复合物的一部分，它解开dsDNA，为ALKBH3提供合适的子物(Duncan et al. 2002, Sundheim et al. 2006, Chen et al. 2010, Dango et al. 2011)。ALKBH3的催化活性需要铁(Fe2+) (Duncan et al. 2002, Sundheim et al. 2006)。
MGMT与大肠杆菌同源物Ada一样，是一种o -6甲基鸟嘌呤转移酶(Lindahl et al. 1983, Moore et al. 1994)，它从鸟嘌呤中移除甲基并转移到蛋白质本身145位的半胱氨酸残基上。因此甲基化的MGMT不会再生，因为s -甲基半胱氨酸非常稳定。这是一种能量昂贵的DNA修复方法，因为以这种方式修复的每个损伤都会牺牲一个完整的蛋白质分子(Rasimas等人2004年，Tubbs等人2007年，Mitra和Kaina 1993年)。
ALKBH2结合含有3-甲基胞嘧啶(3-meC)的烷基化DNA。ALKBH2优先结合双链DNA (dsDNA) (Duncan et al. 2002, Aas et al. 2003, Chen et al. 2010)。ALKBH2的催化活性需要铁(Fe2+) (Duncan et al. 2002)。
ALKBH3是大肠杆菌AlkB的同系物(Trewick et al. 2002)，它通过依赖于α -酮戊二酸、氧和Fe2+的反应从1-甲基腺嘌呤(1-meA)中去除甲基。ALKBH3以1-meA的形式直接逆转DNA的烷基化损伤，并伴有甲醛的释放(Duncan et al. 2002)。通过ALKBH3逆转dsDNA的烷基化损伤需要DNA解旋酶ASCC3的存在，这是激活信号协积复合物的组成部分(Dango et al. 2011)。ALKBH3还可以修复甲基化的RNA (Aas et al. 2003)。
ALKBH2催化1-乙基ladenine (1-etA)的乙基脱除反应依赖于氧、α -酮戊二酸和Fe2+。因此，ALKBH2以1-etA的形式直接逆转DNA的烷基化损伤，释放乙醛(Duncan etal . 2002)。
ALKBH3 (ABH3)更倾向于与含有烷基化损伤的单链DNA或RNA结合。在ASCC3 DNA解旋酶存在下，ALKBH3与含有1-甲基腺嘌呤烷基化损伤(1-meA-dsDNA)的dsDNA结合。ASCC3是ASCC1:ASCC2:ASCC3激活信号co-integrator复合物的一部分，它解开dsDNA，为ALKBH3提供合适的底物(Duncan et al. 2002, Sundheim et al. 2006, Chen et al. 2010, Dango et al. 2011)。ALKBH3的催化活性需要铁(Fe2+) (Duncan et al. 2002, Sundheim et al. 2006)。
ALKBH2结合含1-乙基腺嘌呤(1-etA)的烷基化DNA。ALKBH2优先结合双链DNA (dsDNA) (Duncan et al. 2002, Aas et al. 2003, Chen et al. 2010)。ALKBH2的催化活性需要铁(Fe2+) (Duncan et al. 2002)。
ALKBH2结合含1-甲基腺嘌呤(1-meA)的烷基化DNA。ALKBH2优先结合双链DNA (dsDNA) (Duncan et al. 2002, Aas et al. 2003, Chen et al. 2010)。ALKBH2的催化活性需要铁(Fe2+) (Duncan et al. 2002)。
ALKBH2催化3-甲基胞嘧啶(3-meC)的甲基去除反应依赖于氧，α -酮戊二酸和Fe2+。因此，ALKBH2以3-meC的形式直接逆转DNA的烷基化损伤，释放甲醛(Duncan et al. 2002)。