使用JSBML版本1.5在7/15/21 12:06 PM从Reactome版本77生成SBML。
氨基酸及其相关分子的细胞代谢包括氨基酸的分解代谢、非必需氨基酸(丙氨酸、精氨酸、天冬酰胺、半胱氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、甘氨酸、脯氨酸和丝氨酸)和硒半胱氨酸的生物合成、尿素的合成和肉碱的代谢。肌酸、胆碱、聚酰胺、黑色素和胺类激素。氨基酸的代谢为蛋白质的合成提供了氨基酸的平衡供应。在禁食状态下，骨骼肌蛋白质和其他来源分解产生的氨基酸分解代谢与糖异生和酮生过程耦合，以满足身体在缺乏饮食能量来源的情况下的能量需求。这些代谢过程也为核苷酸和血红素的生物合成提供氮原子，被注释为独立的代谢过程(Felig 1975;Haussinger 1990;Owen et al. 1979)。这些分子穿过脂质双分子膜的运输被单独注释为“小分子跨膜运输”模块的一部分。
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
源自一个反应式复合体。下面是这个复合物的Reactomes嵌套结构:(2xO15382)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
从已定义的反应集派生。这是可选实体的列表，其中任何一个都可以执行给定的功能
从带有AccessionedSequence的Reactome实体派生。这是一种蛋白质
源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构(Q99707, 17621, 29105, Q9UBK8, 16238, 15982)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源自一个反应式复合体。这里是Reactomes嵌套结构这个复杂:(4x29105, 4xQ93088)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从带有AccessionedSequence的Reactome实体派生。这是一种蛋白质
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从已定义的反应集派生。这是可选实体的列表，其中任何一个都可以执行给定的功能
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
源自一个反应的其他实体。我们无法或不愿在化学中详细描述的实体，也不能放在任何其他类别中。可以用来表示细胞中参与反应但我们不能或不想定义分子的复杂结构，例如细胞膜、Holliday结构
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
源自反应体复合体。下面是这个复合体的Reactomes嵌套结构：（2xQ7L266）。Reactome对复合体使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1 core中无法完全表示
源自反应体复合体。这是这个复合体的反应体嵌套结构：（P54368，Q9UMX2，O95190，P11926）。Reactome对复合体使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1 core中无法完全表示
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
源自反应体复合体。下面是这个复合体的Reactomes嵌套结构：（2xQ8TDX5）。Reactome对复合体使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1 core中无法完全表示
源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构(Q8N3J5, 29035)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构:(p62195, o14818, a5lhx3, p40306, p17980, p51665, o00232, o00231, o75832, p49721, o4342, p35998, p28062, p25787, o00233, p62191, o00487, q13200, p25789, p20618, p28072, q06323, p48556, q15008, q99436, q99460, p28065, q9ul46, p55036, p28066, q14997, p25788, p28070, p25786, p60896, q92530, p60900, p28074, q16401, q8taa3, p49720, q9unm6, p62333，)P61289 P43686)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从Reactome候选集派生。一个实体列表，其中一个或多个实体可以执行给定的功能
源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构:(2x29033, 2x38290, 2xO75936)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
源自反应体复合体。这是这个复合体的Reactomes嵌套结构：（2xP23378）。Reactome对复合体使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1 core中无法完全表示
源自一个反应式复合体。下面是Reactomes的嵌套结构:(2x29105, 2xP45381)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从带有AccessionedSequence的Reactome实体派生。这是一种蛋白质
从已定义的反应集派生。这是可选实体的列表，其中任何一个都可以执行给定的功能
从带有AccessionedSequence的Reactome实体派生。这是一种蛋白质
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
源自一个反应式复合体。这里是这个复杂的Reactomes嵌套结构:(4xP49419)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
从已定义的反应集派生。这是可选实体的列表，其中任何一个都可以执行给定的功能
源自一个反应式复合体。以下是Reactomes的嵌套结构:(10xQ96C36)。Reactome对复合物使用嵌套结构，这在SBML Level 3 Version 1核心中不能完全表示
从带有AccessionedSequence的Reactome实体派生。这是一种蛋白质
从带有AccessionedSequence的Reactome实体派生。这是一种蛋白质
从一个简单实体派生而来。这是一个小化合物
从已定义的反应集派生。这是可选实体的列表，其中任何一个都可以执行给定的功能
胱硫氨酸-裂解酶(CTH)同四聚体参与硒胱硫氨酸(SeCysta)水解成硒半胱氨酸(Sec)，氨和2-氧丁酸通过α， γ -消除反应。这个反应是从大鼠涉及半胱硫氨酸γ -裂解酶(Cth)同四聚体的事件中推断出来的(Esaki et al. 1981)。
多巴醌具有高度的反应性，在不含巯基化合物的情况下，它会通过分子内加成氨基来生成一种中间体，即亮色多聚体（也称为环多巴）。然后，环多巴和多巴醌之间的氧化还原交换产生了一种橙红色中间体多巴色素（Raper 1927，Mason et al.1948）和多巴。后一种反应被认为是黑素生成过程中形成的多巴的来源（Ito和Wakamatsu，2008年）。
线粒体谷氨酰胺酶（GLS）催化谷氨酰胺水解生成谷氨酸和氨。已鉴定出两种GLS酶，一种在肝脏中大量表达（GLS-Elgadi等人，1999年），另一种在肾脏中大量表达（GLS2-Gomez-Fabre等人，2000年）。它们的生化特性相似。根据未公布的GLS（PDB 3CZD）晶体学数据和从埃利希腹水细胞中纯化的谷氨酰胺酶的研究（Quesada et al.1988），推断这些酶作为二聚体发挥作用。
人碘酪氨酸脱卤酶1 (DEHAL1)基因由6个外显子组成。已经发表了两种亚型(DEHAL1和DEHAL1B)，这两种亚型都有一个硝基还原酶结构域，并源于第5外显子的差异剪接。DEHAL1亚型是一种跨膜蛋白，催化nadph依赖的一碘酪氨酸(MIT)和二碘酪氨酸(DIT)的脱碘。
线粒体异丁基辅酶a脱氢酶(ACAD8)催化异丁基辅酶a和FAD反应生成甲基丙烯基辅酶a和FADH2 (Roe et al. 1999;阮等，2002)。晶体学研究表明，该活性酶是ACAD8多肽的四聚体，其23个氨基末端残基(线粒体靶向序列)已被移除(Bataille et al. 2004)。
甲基巴豆酰辅酶A羧化酶（MCCA）催化β-甲基戊二酰辅酶A、ADP、正磷酸盐和H2O的可逆反应，形成β-甲基巴豆酰辅酶A、ATP和CO2。活性MCCA由两种多肽组成，即MCCA1和MCCA2（Baumgartner等人，2001年；Holzinger等人，2001年）。该酶已从成纤维细胞线粒体中纯化。与更深入研究的牛同系物类似，认为MCCA是六个MCCA1:MCCA2二聚体的六聚体，并且认为MCCA1多肽的生物素部分共价结合在多肽链681位置的赖氨酸残基上。MCCA1和2的线粒体导入与氨基末端线粒体靶向序列的去除有关，但这些序列的确切长度尚未确定。
与线粒体内膜相关的δ-1-吡咯啉-5-羧酸合成酶催化两步反应，将谷氨酸、ATP和NADPH+H+转化为L-谷氨酸γ-半醛、NADP+、ADP和正磷酸盐。已鉴定出两种P5CS亚型；当在培养的酶缺陷细胞中表达时，两者都是活性的（Hu等人，1999年）。未公布的晶体学数据（PDB 2H5G）表明该酶是二聚体。
根据其与酵母Mde1p酶的同源性，具有5'-甲基硫代核酮糖-1-磷酸异构酶活性的人类酶可能是由APIP基因产生的。
硫氧还蛋白还原酶1 (TXNRD1)同二聚体参与将甲基硒酸(MeSeO2H)还原为甲基硒酸(MeSeOH) (Gromer和Gross 2002)。
吡咯啉-5-羧酸还原酶样（PYCRL）催化（S）-1-吡咯啉-5-羧酸盐与NADPH+H+的反应，在胞质溶胶中形成脯氨酸和NADP+（De Ingeniis et al.2012）。虽然Merrill等人（1989年）描述的吡咯啉-5-羧酸还原酶被认为是PYCR1或PYCR2基因产物，但其在红细胞胞浆中的丰度及其对NADP作为辅助因子的强烈偏好表明它是PYCRL的产物。
作为将硒代蛋氨酸并入蛋白质的第一步，tRNA（Met）通过多合成酶复合物的蛋氨酸tRNA连接酶（MARS）组分转化为硒代蛋氨酸tRNA（Met）（SeMet tRNA（Met）），该复合物由双功能谷氨酰脯氨酰tRNA合成酶、单特异性异亮氨酸、亮氨酸、谷氨酰胺、甲硫酰、赖氨酰组成，精氨酸和天冬氨酸tRNA合成酶以及三种辅助蛋白p18、p48和p43。它参与tRNA（Met）的硒代蛋氨酸化为硒代蛋氨酸tRNA（Met）（SeMet-tRNA（Met））。根据绿豆（Burnell 1981）和小麦胚芽（Eustice et al.1981）中的事件推断出该反应。
色氨酸羟化酶是5-羟色胺生物合成的第一步和限速步骤。该酶需要铁(II)、四氢生物蝶呤和二氧辅助因子来将l -色氨酸羟基化为5-羟基色氨酸。色氨酸羟化酶属于一个小家族的单加氧酶，利用四氢生物燕鸥。其他成员有苯丙氨酸羟化酶和酪氨酸羟化酶(Fitzpatrick, PF, 1999;Walther等人，2003)。