PIWIL2切割的RNA(人的HILI，小鼠的MILI同源物)可以转移到PIWIL2的另一个分子上。这是“乒乓循环”的一部分，它从较长的前体产生更多的次级piRNAs。

双miRNA(指定为miRNA-miRNA*)在切割后在DICER1上重新定位，然后从DICER1转移到RISC负载复合物内的Argonaute蛋白(AGO2或，根据推断，AGO1, AGO3，或AGO4)。特定的Argonaute蛋白似乎没有显著不同的miRNA群体，然而，Argonaute身份可以影响miRNA的最终长度。

DICER1切割由HIV基因组RNA的引物结合位点(PBS)和tRNA Lys UUU形成的双链RNA杂交，tRNA Lys UUU是引发HIV基因组反转录的tRNA。这些产物是一个tsRNA, PBSncRNA，即tRNA Lys UUU的3'端18 nt和一个HIV基因组的未特征片段(Yeung et al. 2009)。

从小鼠同源物推断，结合PIWIL1(人的HIWI，小鼠的Miwi)后，pre-piRNA的3'端被一种未知的核酸酶修剪。piRNA的最终大小似乎是由与其相关的特定PIWI蛋白决定的。PIWIL1和TDRD6位于类染色体体中。在成年睾丸中，TDRD6和TDRKH都与PIWIL1有关，但只有TDRKH存在于胚胎发育早期。TDRKH是精子发生所必需的，似乎参与了pre-piRNAs的3'端修剪。

初级(未加工的)pirna转录本通过一种未知的机制从细胞核运输到细胞质。对果蝇的研究表明，Uap56、Nxt1、Nxf2、Nup154和Nup43可能参与了从细胞核输出piRNA前体(Zhang et al. 2012, Muerdter et al. 2013, Handler et al. 2013)。

从小鼠的同源物推断，PIWIL2(人的HILI，小鼠的MILI同源物)与一个piRNA结合，剪切与该piRNA互补的靶标rna。被切割的RNA可以转移到另一个PIWIL2，作为产生次级piRNAs的“乒乓周期”的一部分，或者被切割的RNA可以转移到PIWIL4，然后转移到细胞核中转录沉默位点与piRNA互补。

ELAC2是负责tRNA成熟的胞质核糖核酸酶，它切割前tRNA Ser TGA，生成成熟tRNA的3'端和下游片段tRF-1001, tRF-1001持续存在于胞质中(Lee et al. 2009)。ELAC2还被认为从pre-tRNA Asp GTC中释放tRF-1002，从pre-tRNA Ser GCT中释放tRF-1003，从pre-tRNA Asp GTC中释放tRF-1004。

miRNA基因的转录。大多数mirna是由RNA聚合酶II转录的。mirna可能是自主转录单位，也可能位于其他转录本，包括内含子和其他非翻译区域的位置。在聚合酶II转录的mirna中，约60%位于蛋白质编码基因的内含子中，12%位于非编码rna的内含子中，18%位于非编码rna的外显子中，10%不确定。第二类miRNA基因与Alu等重复元件相关，并通过RNA聚合酶III与这些元件共转录。目前，聚合酶III转录miRNAs的例子只有少数几个。

C3PO似乎是一种核酸酶，在AGO2切割后水解乘客链。C3PO也可能是装载AGO2的DICER1非依赖途径的一部分。人类AGO2可能包含miRNAs或siRNAs。选择哪一条链保留为指导RNA的机制在人类中尚不清楚。观察到悬置核苷酸和输入双链两端的碱基配对强度影响链选择。

从小鼠同源物推断，结合PIWIL2(人的HILI，小鼠的MILI)后，pre-piRNA的3'端被一种未知核酸酶修剪。piRNA的最终大小似乎是由与其相关的特定PIWI蛋白决定的。MOV10L1具有解旋酶结构域，与PIWIL2相关，是将PIWIL2与piRNA加载所必需的。PIWIL2、TDRD1、MVH和ASZ位于间断软骨骨水泥、染色质体和髓体(一种nuage) (Pillai and Chuma 2012年综述)。(Nuage是电子密集的核周物质，也称为生发颗粒。)

双链RNA与装载RISC的复合物和复合物的RNase III组分DICER1结合，切割双链RNA，生成21-25个核苷酸的短双链RNA，双siRNAs(小干扰RNA)。sirna的最终结构与microrna (mirna)相似，但其来源不同:sirna是由来自病毒、转座元件、着丝粒重复和其他重复结构的长双链rna产生的。原始特征的RLC包含DICER1, AGO2，和TARBP2 (TRBP)。替代rlc似乎含有其他Argonaute蛋白(AGO1, AGO3, AGO4)而不是AGO2, PRKRA而不是TARBP2。TARBP2和PRKRA沿双链RNA的扩散活性可能增强DICER1的加工。

剪切后的RNA结合PIWIL2(人的HILI，小鼠的Mili同源物)，3'端被未知核酸酶修剪，生成成熟的piRNA。由此产生的PIWIL2:piRNA复合物可以通过“乒乓”循环进一步参与扩增。

在5'端被PLD6切割后，前piRNA与PIWIL1（HIWI，小鼠MIWI的同系物）结合，可能与其他蛋白质（如TDRD6和TDRKH）形成复合物，后者与PIWIL1上的甲基化精氨酸残基相互作用，是piRNA生物发生所必需的。通过PIWIL1结合被认为对在其5'端具有尿嘧啶残基的前piRNAs具有选择性。

Importin-8 (IPO8, IMP8, RANBP8)在细胞质中结合AGO2:miRNA复合物，并参与将AGO2:miRNA复合物导入细胞核(Weinmann et al. 2009, Wei et al. 2014)。IPO8也是AGO2:miRNA复合物募集到细胞质中许多靶mrna以及它们的有效沉默所必需的(Weinmann等，2009)。此外，在细胞核中也观察到其他Argonautes (AGO1, AGO3, AGO4) (Kim et al. 2008, Weinmann et al. 2009, Ahlenstiel et al. 2012, Gagnon et al. 2014)，可能通过相同的机制导入。

从小鼠同源物推断，HENMT1将一个甲基从s -腺苷蛋氨酸转移到PIWIL4结合的piRNA的3'端2'羟基上。

切割后，双链siRNA在DICER1上重新定向，然后从DICER1转移到RISC负载复合物（RLC）内的Argonaute蛋白（AGO1、AGO2、AGO3或AGO4）。

在5'端被PLD6切割后，前piRNA被PIWIL2（HILI，小鼠MILI的同系物）结合，可能与TDRD1、TDRD12、DDX4（MVH）、ASZ（GASZ）形成复合物和MOV10L，所有这些都是野生型piRNA生物发生水平所必需的。通过PIWIL2结合被认为对在其5'端具有尿嘧啶残基的前piRNA具有选择性。

通过Exportin-5进行核输出。前microRNA与核内的Exportin-5:RanGTP复合物结合，该复合物通过核孔转移到细胞质中。在此过程中，GTP水解为GDP。

DICER1裂解:D-loop中的tRNA Gln CTG，从tRNA的5'端释放一个19 nt片段(Cole et al. 2009);tRNA Gly GCC，从tRNA的3'端释放一个22 nt片段tRF-3b (tRF-3027b) (Maute et al. 2013);前体tRNA Ile TAT，从tRNA的3'端释放21 nt片段，称为sRNA-Ile或miR-1983 (Hasler et al. 2016，并从小鼠同源物推断)。大多数tRF被认为是通过DICER1独立的方式产生的，然而，DICER1的缺失并不会显著改变tRF的表达(Kumar et al. 2014, Kuscu and Kumar et al. 2018)。

从DICER1传递到Argonaute蛋白的短双链RNA通过一种未被很好描述的机制去除和丢失乘客链而变成单链。所有Argonautes（AGO1（EIF2C1）、AGO2（EIF2C2）、AGO3（EIF2C3）、AGO4（EIF2C4））都可以在不切割乘客链的情况下去除乘客链。AGO2（EIF2C2）具有核内溶解活性并切割siRNA的乘客链，这有助于去除乘客链，但不是必需的（Matranga等人，2005年）与RISC负载复合物相关的RNA解旋酶A也可促进乘客链的去除。选择保留哪一条链作为引导RNA的机制在人类中尚不清楚。观察到悬垂核苷酸和输入双链两端的碱基配对强度会影响链选择。Argonaut携带miRNAs或siRNAs的e蛋白主要位于培养细胞中粗面内质网的胞质表面，与TARBP2或PRKRA相关。

短双链RNA从DICER1传递到Argonaute蛋白，通过去除和丢失客链而呈现为单链。所有的Argonautes (AGO1 (EIF2C1)， AGO2 (EIF2C2)， AGO3 (EIF2C3)， AGO4 (EIF2C4))都可以在不剪切的情况下去除客链，大多数mirna都是这样处理的。AGO2 (EIF2C2)可以剪切中部区域没有错配的mirna子集的客链(Shin et al. 2008)。与RISC加载复合物相关的RNA解旋酶A可促进旅客链的去除。在人类中，选择哪条链作为引导RNA的机制还没有被很好地理解。在输入双链两端的悬垂核苷酸和碱基配对的强度被观察到影响链选择。在培养的细胞中，载有miRNAs或sirna的Argonaute蛋白主要位于粗糙内质网胞质面TARBP2或PRKRA。在成年非分裂细胞中，大多数argonaue结合的mirna位于低分子量复合物中，但在磷酸肌苷-3-激酶/mTOR信号转导下转移到含有GW182的更大复合物中。

含有小rna和AGO2的复合物分别在核内和核膜内，与肌动蛋白细胞骨架相关(Ahlenstiel et al. 2012, Huang et al. 2013)。Argonaute:miRNA复合物与具有匹配miRNA序列的基因组区域相关联，可能是通过连接到染色质的RNA转录本(Li et al. 2006, Weinber et al. 2006, Kim et al. 2008, Place et al. 2008, Younger and Corey 2011)。AGO2:miRNA似乎存在于包含DICER和TNRC6A的复合物中(Gagnon et al. 2014)，而AGO2已被证明与RNA聚合酶II、TARBP2和EZH2在转录沉默启动子上存在关联(Kim et al. 2006, Huang et al. 2013)。AGO1还与活性启动子上的RNA聚合酶II相关(Huang et al. 2013)。其他AGO:miRNA复合物可能形成类似的复合物。AGO的关联:miRNA复合物与基因可能导致转录激活(Li et al. 2006, Place et al. 2008)、转录抑制(Kim et al. 2008, Younger and Corey 2011)、可变剪接(ameya - zazoua et al. 2012)或DNA修复(Francia et al. 2012, Wei et al. 2012)。转录激活和抑制的决定因素尚不清楚。转录效应是通过组蛋白甲基化的变化介导的，特别是组蛋白H3在赖氨酸-4、赖氨酸-9和赖氨酸-27位点的甲基化(Li et al. 2006, Kim et al. 2006, Kim et al. 2008, Younger和Corey 2011)。

AGO2:miRNA复合物在胞质中形成(Ohrt et al. 2008)，并以Importin-8复合物(IPO8, Imp8, RanBP8)的形式导入细胞核(Weinmann et al. 2009, Wei et al. 2014)。一旦进入细胞核，与货物结合的Imp8与RAN:GTP相互作用，导致Imp8与AGO2:miRNA结合分离(Gorlich et al. 1997)。在细胞核中也观察到其他Argonautes (Robb et al. 2005, Weinmann et al. 2009, Doyle et al. 2013, Ahlenstiel et al. 2012, Gagnon et al. 2014)，可能通过相同的机制导入。

Exportin-5结合在3'端有2个核苷酸悬垂的pre- microrna。结合与序列无关，依赖于GTP。

从小鼠同源物推断，HENMT1将一个甲基从s -腺苷蛋氨酸转移到胞质中与PIWIL2复合物结合的piRNA 3'端2'羟基上。

包含Argonaute-1 (AGO1, EIF2C1)， AGO3 (EIF2C3)和AGO4 (EIF2C4)的RISC通过目标RNA和RISC的引导RNA之间的碱基配对与目标RNA结合。AGO1,3,4不具有核糖核酸酶活性，因此引导物和靶点之间的精确匹配不会导致靶点的裂解。相反，结合的作用是抑制转译，然后是靶RNA的衰变。Argonaute蛋白已被证明与核糖体蛋白和RNA降解发生的加工体(p - body)成分相互作用。在体内，AGO和TNRC6蛋白之间的直接相互作用是抑制转译和靶向p -体所必需的。

由Drosha微处理器复合体进行的核处理。初级微RNA（pri miRNA）被微处理器复合体识别（Drosha:DGCR8）pri-miRNA的两条链在pri-miRNA的游离5'端和3'端附近，即内环远端被Drosha切割。产物是一种双链RNA，在3'端有2个核苷酸突出，并有一个内环。

Pre-miRNA结合RISC负载复合物(RLC)，一个包含DICER1, AGO2和TARBP2 (TRBP)的复合物。可选择的加载复合物包含AGO1、AGO3或AGO4而不是AGO2, PRKRA (PACT)而不是TARBP2。pre-miRNA底物有一个内部环路和一个由DROSHA:DGCR8裂解产生的突出的3'端。DICER1:TARBP2亚复合物或DICER1:PRKRA亚复合物识别这种结构，DICER1组分切割环附近的pre-miRNA。该产品是一个21-25个核苷酸的双链RNA，在每个3'端有2个核苷酸突出。产物有5'磷酸盐和3'羟基。TARBP2和PRKRA沿双链RNA的扩散活性可能增强DICER1的加工。

Human Argonaute-2 (AGO2, EIF2C2)在其PIWI结构域具有核糖核酸溶解活性，并在与引导RNA匹配的5'末端约10个核苷酸的位置切割与引导RNA完全互补的靶标RNA。裂解产物有一个5'磷酸和一个3'羟基。包含sirna和microrna的复合物都具有切割能力。虽然Argonaute蛋白与许多其他蛋白相互作用，但AGO2和引导RNA的复合物足以在体外直接切割靶RNA。在体内，切割需要AGO2与TNRC6蛋白和MOV10相互作用。

TNRC6A (GW182)同时具有核定位信号(NLS)和核输出信号(NES)，使其能够在细胞质和细胞核之间穿梭(Nishi et al. 2013)。因此，TNRC6A:AGO2:miRNA复合物通过一种未知的输入机制被运输到细胞核(Nishi等，2013)。(TNRC6A由Exportin 1出口)AGO2和TNRC6A之间的相互作用影响了细胞核中的基因沉默活性(Nishi et al. 2013)。

从果蝇和小鼠的同源物推断，位于线粒体外膜细胞质面PLD6 (MitoPLD)使初级piRNA转录本首次内切。裂解产生一个5'磷酸和一个3'羟基。裂解被认为先于加载到PIWIL1 (HIWI, MIWI)或PIWIL2 (HILI, MILI)。大多数成熟的piRNAs在5'端有尿嘧啶。这似乎是由于PIWI蛋白的选择性结合而不是选择性切割(在Bortvin 2013年发表的综述)。

切割后的RNA与PIWIL4结合后，3'端被未知核酸酶切割以生成成熟的piRNA。

从小鼠同源物实验推断，初级piRNA转录本来源于多个拷贝转座元件和独特的拷贝非编码rna和mrna。随着男性生殖细胞从胎儿到成人的发展，pirna的组成从转座子转移到独特的复制序列(在Bortvin 2013年综述)。计算分析已经在小鼠基因组中确定了161到242个piRNA簇和许多其他较小的piRNA热点(Aravin et al. 2008, Rosenkranz和Zischler 2012, Jung et al. 2014)。小鼠中约18%的粗线期前piRNAs来源于mrna编码蛋白(Aravin et al. 2008)。同样，在人类基因组中发现了235至368个piRNA簇(Rosenkranz and Zischler 2012, Gould et al. 2012, Yang et al. 2013, Jung et al. 2014)。从小鼠同源物推断，MYBL1 (A-MYB)转录因子驱动piRNA前体和编码PIWI家族蛋白的mrna的转录。

PIWIL2裂解RNA:piRNA转移到PIWIL4(人HIWI2，小鼠MIWI2)。该反应需要MAEL，并通过FKBP6:HSP90的伴侣活性增强。PIWIL4, TDRD9和MAEL位于piP体中，piP体是一种nuage(电子密度核周材料)。PIWIL4和PIWIL2使用不同的语言。

从小鼠同源物推断，PIWIL4在细胞质中携带piRNA，然后易位到细胞核，在细胞核中以一种未知的机制指导同源位点的转录沉默。大多数细胞PIWIL4在小鼠发育的E16.5处易位到细胞核，其正确的定位依赖于PIWIL2和TDRD1。TDRD9和MAEL与PIWIL4相互作用，在细胞核中观察到，并可能在PIWIL4易位中发挥作用。然而，敲除TDRD9并不影响PIWIL4的核定位。MAEL敲除可以延迟但不能阻止PIWI4L在细胞核中的定位。PIWIL4易位需要TDRKH，但TDRKH仅在胞质中观察到。

从小鼠同源物推断，HENMT1将一个甲基从s -腺苷蛋氨酸转移到胞质中PIWIL1复合物结合的修饰过的piRNA的2'羟基上。

RISCs可以结合与Argonaute携带的引导RNA不完全匹配的靶RNA。结合特别依赖于靶RNA和引导RNA (miRNA或siRNA)的8个5'核苷酸之间的碱基配对。Argonaute-1 (AGO1, EIF2C1)、AGO3 (EIF2C3)和AGO4 (EIF2C4)在所有情况下结合后均不能裂解。AGO2能够切割目标RNA，但如果引导RNA中间存在错配(位于引导RNA 5'末端约10个核苷酸的中心)，则不能。在没有裂解的情况下，目标RNA仍然被RISC结合，这抑制了目标RNA的翻译，导致RNA进入衰变途径。在体内，抑制翻译需要AGO与一个TNRC6蛋白和MOV10相互作用。磷酸肌苷-3激酶/mTOR途径增加了TNRC6蛋白GW182的表达，从而增加了AGO:miRNA与mRNA的高分子量复合物的比例。

血管生成素(ANG)在特定trna的反密码子内或附近分裂，包括但不限于:tRNA Arg ACG (Fu et al . 2009), tRNA Arg 20 (Fu et al . 2009), tRNA Glu CTC (Fu et al . 2009), tRNA g CCC (Fu et al . 2009), tRNA g GCC (Fu et al . 2009), tRNA遇见猫(Fu et al . 2009年,苏et al . 2019年),tRNA Pro gg(山崎裕et al . 2009年),tRNA Pro TGG(山崎裕et al . 2009), tRNA Val AAC (Fu et al . 2009), tRNA Ala AGC (Su et al . 2019年),tRNA阿拉巴马州公司治理文化(Su et al . 2019), tRNA Ala TGC (Su et al . 2019), GTC tRNA Asp (Su et al . 2019), tRNA Glu TTC (Su et al . 2019年),他tRNA GTG (Su et al . 2019), tRNA列伊CAG (Su et al . 2019), tRNA列伊标签(Su et al . 2019), tRNA赖氨酸TTT (Su et al . 2019年),tRNA Ser GCT (Su et al . 2019), tRNA Ser CGA (Su et al . 2019), tRNA Val CAC (Su et al . 2019年),tRNA Val TAC (Su et al. 2019) (Lee and Vallee 1989, Saxena et al. 1992, Emara et al. 2010, Ivanov et al. 2011)。这些产物是一个约30-35 nt的5′片段和一个约40 nt的3′片段，被称为tRNA半部分或应力诱导tRNA片段(tirna) (Emara et al. 2010)。ANG裂解的结果是，5' tRNA一半包含5'单磷酸(Emara et al. 2010)和3'环单磷酸(Shigematsu et al. 2018)，而3' tRNA一半包含5'羟基(Shigematsu et al. 2018)。ANG在诸如暴露于性激素和应激(饥饿、氧化应激和病毒感染)等生物条件下切割tRNA (Fu et al. 2009, Emara et al. 2010, Ivanov et al. 2011, Wang et al. 2013, Honda et al. 2015, Selitsky et al. 2015)，但ANG敲除细胞在应激后仍会产生几个tRNA半部分(Su et al. 2020)。5’tirna通过将eIF4F从mrna的m(7)G帽置换而抑制翻译(Emara et al. 2010, Ivanov et al. 2011)。3 ' tirna通过与细胞色素C相互作用来保护细胞免受应激诱导的凋亡(来自Saikia等人，2014年的小鼠同源物)。 The products of ANG have modifications present on mature tRNAs (Drino et al. 2020); therefore, the cleavage is believed to occur in the cytosol (Yamasaki et al. 2009, reviewed in Lyons et al. 2018) perhaps as ANG is translocated from receptors on the plasma membrane through the cytosol to the nucleus.

TNRC6A（GW182）是转录物降解的miRISC和加工体（P体或GW体）的主要成分（Eystathioy等人，2003）。GW182含有多个甘氨酸色氨酸（GW）重复序列，可与Argonaute蛋白质相互作用（Eulalio等人，2009年，Takimoto等人，2009年）。人类表达三种旁系同源物（TNRC6A、TNRC6B和TNRC6C），这三种旁系同源物都能沉默与其结合的mRNA的表达（Lazzaretti等人，2009年）。在胞质溶胶中，TNRC6A通过三个GW重复基序结合AGO2:miRNA（Landthaler等人，2008年，Takimoto等人，2009年，Nishi等人，2013年）。

C3PO似乎是一种核酸酶，在AGO2切割后水解乘客链。C3PO也可能是装载AGO2的DICER1非依赖途径的一部分。人类AGO2可能包含miRNAs或siRNAs。选择哪一条链保留为指导RNA的机制在人类中尚不清楚。观察到悬置核苷酸和输入双链两端的碱基配对强度影响链选择。

BCDIN3D将一个甲基从s -腺苷半胱氨酸转移到pre-miR-145和pre-miR-23b的5'磷酸的2个羟基上(Xhemalce et al. 2012)。甲基化消除了磷酸盐上的负电荷，从而干扰了Dicer对pre- mirna的识别，抑制了成熟miR-145的产生。